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J-GLOBAL ID：202202258721423732   整理番号：22A0740709

分子動力学シミュレーションと自由エネルギー計算に基づくブロモドメイン含有蛋白質4へのNHWD-870の結合機構【JST・京大機械翻訳】

The binding mechanism of NHWD-870 to bromodomain-containing protein 4 based on molecular dynamics simulations and free energy calculation

著者 (9件)： Shi Mingsong (State Key Laboratory of Biotherapy/Collaborative Innovation Center of Biotherapy and Cancer Center, West China Hospital of Sichuan University, Chengdu, Sichuan 610041, China. [e-mail]) ,  He Jun ,  Weng Tiantian ,  Shi Na ,  Qi Wenyan ,  Guo Yong ,  Chen Tao ,  Chen Lijuan ,  Xu Dingguo
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 24  号： 8  ページ： 5125-5137  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ブロモドメインおよび末端外(BET)蛋白質(BRD2,BRD3,BRD4およびBRDT)は,タンデムブロモドメインを有する後成的リーダーである。BET蛋白質の小分子阻害剤は癌に対する有望な治療戦略である。例えば,NHWD-870はBRD4(BD1+BD2)を阻害することができる。現在,NHWD-870結合BRD4の構造データは不足している。ここでは,分子ドッキング,分子動力学シミュレーション,および結合自由エネルギー計算によって,NHWD-870とBRD4(BD1とBD2)との間の相互作用を調べた。NHWD-870はBRD4のBD1とBD2に類似の結合親和性を示した。NHWD-870のR/S立体配座に対する結合自由エネルギー計算は,NHWD-870のキラル中心がBRD4との結合のRとS立体配座に類似の役割を与えることを示唆し,新規BRD4阻害剤の同定を容易にした。Copyright 2022 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  相互作用 ,  立体配座 ,  *計算機シミュレーション ,  *タンパク質 ,  直列接続 ,  親和性 ,  *エネルギー計算 ,  治療計画
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  *ブロモドメイン ,  *分子動力学シミュレーション ,  分子ドッキング ,  結合自由エネルギー ,  キラル中心 ,  小分子阻害剤 ,  *自由エネルギー計算 ,  ブロモドメイン含有蛋白質4 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 分子間相互作用  (BH07020P) ,  物理化学一般その他  (CB01030T) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J)

タイトルに関連する用語 (3件)： 分子動力学シミュレーション ,  自由エネルギー計算 ,  ブロモドメイン含有蛋白質4