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J-GLOBAL ID：202202258960949053   整理番号：22A0429783

自由エネルギー摂動を用いた残基突然変異による蛋白質熱力学的安定性変化の正確な予測【JST・京大機械翻訳】

Accurate Prediction of Protein Thermodynamic Stability Changes upon Residue Mutation using Free Energy Perturbation

著者 (4件)： Scarabelli Guido (Schrodinger Inc, 1540 Broadway 24th Floor, New York, NY 10036, United States) ,  Oloo Eliud O. (Schrodinger Inc, 1540 Broadway 24th Floor, New York, NY 10036, United States) ,  Maier Johannes K.X. (Schrodinger Inc, 1540 Broadway 24th Floor, New York, NY 10036, United States) ,  Rodriguez-Granillo Agustina (Schrodinger Inc, 1540 Broadway 24th Floor, New York, NY 10036, United States)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 434  号： 2  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,蛋白質変異体の相対的熱力学的安定性を予測するための物理学に基づく計算アプローチの適用について述べ,様々なpH条件で測定した多様な蛋白質系から得られた実験データと比較して,それらの予測の定量的精度を評価した。物理的安定性は,生物学的治療,ワクチン,診断,酵素および他の蛋白質ベースの製品の臨床的および商業的成功の重要な決定因子である。蛋白質の安定性に対するアミノ酸残基変異の影響を測定する実験技術が存在しているが,それらは時間がかかり,費用がかかり,従って正確な予測方法が必要である。安定性予測のための多くの通常利用可能な計算法とは対照的に,本論文で適用した自由エネルギー摂動法は,厳密な分子動力学シミュレーションプロセスを用いて溶媒効果および試料の立体配座動力学を明確に説明する。14の異なる蛋白質構造にわたって広がる328の単一点突然変異からなる全検証データセットにおいて,我々の結果は,0.65のR2と0.95kcal/molの低い平均非帰属誤差を有する実験と良好な全体的相関を示す。実験評価技術と組み合わせたFEP手法の適用は,製品開発の時間と費用を低くし,高価な後期段階故障のリスクを低減する機会を提供する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  予測技法 ,  立体配座 ,  故障 ,  製品開発 ,  酵素 ,  溶媒効果 ,  *タンパク質 ,  *突然変異 ,  ワクチン ,  *摂動 ,  アミノ酸残基 ,  点突然変異
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  *残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 変異体 ,  熱安定性 ,  自由エネルギー摂動 ,  MM/GBSA ,  計算予測

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 自由エネルギー ,  摂動 ,  残基 ,  突然変異 ,  蛋白質 ,  熱力学的安定性 ,  予測