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J-GLOBAL ID：202202259482749530   整理番号：22A1086474

時系列遺伝子発現データのデータ摂動と回復【JST・京大機械翻訳】

Data Perturbation and Recovery of Time Series Gene Expression Data

著者 (3件)： Sarkar Aisharjya (Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, FL, USA) ,  Mishra Prabhat (Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, FL, USA) ,  Kahveci Tamer (Department of Computer and Information Science and Engineering, University of Florida, Gainesville, FL, USA)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 19  号： 2  ページ： 830-842  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細胞は,それらの活性を調節するために,どの遺伝子を転写するか,そして,何が量によっても制御することによって,プロセス転写物を制御する。遺伝子の転写レベルは時間とともにしばしば変化する。遺伝子転写の変化率は遺伝子間で異なる。それは,個体群の異なるメンバーにわたって同じ遺伝子に対しても変化さえできる。したがって,与えられた遺伝子に対して,単一時点での転写レベルだけでなく,複数の時間点にわたって,いくつかの表現型または外部因子の基礎となる遺伝子発現のパターンにおける変化を捉えることが重要である。そのようなデータセット摂動は,異なる時間点で異なるサンプルに対して転写値を欠く可能性があるため起こる。本論文では,ランダム削除に関して重要な3つのデータ摂動モデルを定義した。また,誤差が最小化されるような摂動データセットにおけるデータ損失を回復する回復法を定義した。著者らの実験結果は,回復方法が摂動モデルによって作られた損失を補償することを示した。2つの測度,即ち,正規化距離とピアソン相関係数により,元のデータセットと摂動データセット間の距離が元のデータセットと回復データセット間の距離よりも大きいことを示した。Copyright 2022 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 測度 ,  *データ ,  *遺伝子 ,  転写【遺伝】 ,  表現型 ,  距離 ,  個体群 ,  *摂動 ,  正規化 ,  *遺伝子発現 ,  転写
準シソーラス用語： データ損失 ,  Pearson相関係数 ,  *データ摂動 ,  遺伝子発現データ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 数値計算  (JE02000J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 時系列 ,  遺伝子発現データ ,  データ摂動 ,  回復