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J-GLOBAL ID：202202260047421954   整理番号：22A0161584

法医学併用STRおよびSNP多重化のナノ細孔配列決定【JST・京大機械翻訳】

Nanopore sequencing of a forensic combined STR and SNP multiplex

著者 (5件)： Tytgat Olivier (Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, Ghent University, 9000 Gent, Belgium) ,  Tytgat Olivier (Imec, Kapeldreef 75, Leuven 3001, Belgium) ,  Skevin Sonja (Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, Ghent University, 9000 Gent, Belgium) ,  Deforce Dieter (Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, Ghent University, 9000 Gent, Belgium) ,  Van Nieuwerburgh Filip (Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, Ghent University, 9000 Gent, Belgium)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 56  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 法医学目的のためのナノポア配列決定は,高い最前線資本投資の必要性なしに,キャピラリー電気泳動(CE)と比較して追加識別力を生じるので,注目を得ている。等対立遺伝子の検出を可能にすることに加えて,質量並列配列(MPS)は,並列で短いタンデム反復(STRs)と単一ヌクレオチド多型(SNP)の分析を容易にする。本研究では,6つの単一コントリビュータ試料を,58STRと94SNP遺伝子座の多重マルチプレックスにより増幅し,続いてR10.3フローセルを用いたナノポア配列決定を行った。2つの最先端のベースカラー,GuppyおよびBonitoを用いて,ベースリングを行った。参照ライブラリーへのSTR読取のアラインメント後の雑音を低減する先進的アラインメントベース解析法を開発した。ナノ細孔配列決定によるSTR遺伝子タイピングは,より挑戦的であるが,全ての常染色体および2つの非常染色体STR遺伝子座に対し,正しい遺伝子型決定を得た。さらに,イソ対立遺伝子の遺伝子型決定は非常に正確であることが証明された。SNP遺伝子タイピングは,両方のベースラーに対して99%の精度をもたらした。新しく開発されたアラインメントベースの分析法と組み合わせた新規ベースカルラーの使用は,以前の研究と比較して,明らかに高いSTR遺伝子型決定精度を有する結果をもたらした。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  雑音 ,  投資 ,  *多重化 ,  対立遺伝子 ,  *法医学 ,  常染色体 ,  キャピラリー電気泳動 ,  フローセル ,  一塩基多型
準シソーラス用語： 縦列反復配列 ,  *ナノ細孔 ,  遺伝子タイピング ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 次世代シークエンシング ,  短いタンデムリピート ,  単一ヌクレオチド多型 ,  ナノポア配列決定

分類 (3件)： 法医学  (GA03000B) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 法医学 ,  併用 ,  STR ,  SNP ,  多重化 ,  ナノ細孔