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J-GLOBAL ID：202202260279752793   整理番号：22A1027100

大腸菌における感覚系と転写調節【JST・京大機械翻訳】

Sensory Systems and Transcriptional Regulation in Escherichia coli

著者 (11件)： Femerling Georgette (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Gama-Castro Socorro (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Lara Paloma (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Ledezma-Tejeida Daniela (2Institute of Molecular Systems Biology, ETH Zuerich, Zurich, Switzerland) ,  Tierrafria Victor H. (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Tierrafria Victor H. (3Department of Biomedical Engineering, Boston University, Boston, MA, United States) ,  Muniz-Rascado Luis (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Bonavides-Martinez Cesar (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Collado-Vides Julio (1Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico) ,  Collado-Vides Julio (3Department of Biomedical Engineering, Boston University, Boston, MA, United States) ,  Collado-Vides Julio (4Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain)
資料名： Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web)  (Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web))
巻： 10  ページ： 823240  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7059A  ISSN： 2296-4185  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 自由生活細菌において,遺伝子発現を調節する能力は,適応のコアであり,環境と相互作用する。論理を持つこれらのシステムに対して,シグナルは,環境中にその存在を暗示するのを助ける細胞を助ける遺伝的変化を誘発する必要がある。簡単に,応答は信号へのフィードバックを含むことが期待される。したがって,それは遺伝子調節の遺伝的感覚機構を考慮することを意味する。Escherichia coli K-12は,調節系の最大数とその検出能が分子レベルで詳細に研究されている細菌モデルである。生体分子センシングシステムに焦点を当てたこの特別な課題において,著者らは,センシング調節システムの展望から,著者らのデータベース,レギュロンDBで集められたE.coliに対する知識の転写調節コーパスの概要を提供した。したがって,著者らは,環境の変化としてセルによって検出される信号の化学的または物理的要素である情報フラックスの始めから始めた。これらのシグナルは転写因子に内部伝達され,それらの立体配座を変化させる。エフェクターに形質導入されたシグナルは転写因子にアロステリックに結合し,これは大腸菌における支配的なセンシング機構を定義する。既知のアロステリックエフェクターのレパートリーの最新リストと,このセンシング能力の現在知られている異なる機構のリストを提供した。シグナル,輸送,遺伝子調節,および与えられた転写因子の調節された遺伝子産物の生化学的応答を統合する,短いためのGENSOR単位である,基本的な遺伝的感覚応答単位の以前の定義は,この概観の目的と完全に一致した。GENSORsの最新の収集に基づいて,それらの応答の機能的不均一性をまとめ,それらの応答の一部として期待されるフィードバックを同定するためにそれらを使用した。最後に,大腸菌の調節ネットワークにおける多重センシングの疑問に取り組んだ。この概観は,E.coli K-12における天然成分のセンシングと調節のアーキテクチャを紹介し,生体工学応用へのインスピレーションの源であるかもしれない。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 応答 ,  相互作用 ,  立体配座 ,  データベース ,  細菌 ,  *大腸菌 ,  遺伝 ,  生体工学 ,  多重化 ,  遺伝的調節 ,  計算機アーキテクチャ ,  レギュロン ,  遺伝子発現 ,  転写因子
準シソーラス用語： *転写調節 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 信号 ,  遺伝子調節 ,  感覚応答遺伝単位 ,  フィードバック ,  バイオセンサ ,  転写調節ネットワーク ,  大腸菌 ,  転写因子

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  微生物生理一般  (EG03051L)

引用文献 (66件)：

• Ali AzamT., IwataA., NishimuraA., UedaS., IshihamaA. (1999). Growth Phase-dependent Variation in Protein Composition of the Escherichia coli Nucleoid. J. Bacteriol. 181, 6361-6370. doi: 10.1128/jb.181.20.6361-6370.1999
• AnsaldiM., ThéraulazL., MéjeanV. (2004). TorI, a Response Regulator Inhibitor of Phage Origin in Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. 101, 9423-9428. doi: 10.1073/pnas.0401927101
• AnzaiT., ImamuraS., IshihamaA., ShimadaT. (2020). Expanded Roles of Pyruvate-Sensing PdhR in Transcription Regulation of the Escherichia coli K-12 Genome: Fatty Acid Catabolism and Cell Motility. Microb. Genom 6, mgen000442. doi: 10.1099/mgen.0.000442
• AquinoP., HondaB., JainiS., LyubetskayaA., HosurK., ChiuJ. G., et al (2017). Coordinated Regulation of Acid Resistance in Escherichia coli. BMC Syst. Biol. 11 (1), 1. doi: 10.1186/s12918-016-0376-y
• AzamT. A., IshihamaA. (1999). Twelve Species of the Nucleoid-Associated Protein from Escherichia coli. J. Biol. Chem. 274, 33105-33113. doi: 10.1074/jbc.274.46.33105

タイトルに関連する用語 (3件)： 大腸菌 ,  感覚系 ,  転写調節