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J-GLOBAL ID：202202260326842766   整理番号：22A1085008

マルチオミクスアプローチにより解読されたパンコムギリボソームDNA遺伝子座の微細構造および転写動態【JST・京大機械翻訳】

Fine structure and transcription dynamics of bread wheat ribosomal DNA loci deciphered by a multi-omics approach

著者 (10件)： Tulpova Zuzana (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Kovarik Ales (Institute of Biophysics, Czech Academy of Sciences, Brno, Czech Republic) ,  Toegelova Helena (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Navratilova Pavla (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Kapustova Veronika (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Hribova Eva (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Vrana Jan (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Macas Jiri (Biology Centre, Institute of Plant Molecular Biology, Czech Academy of Sciences, Ceske Budejovice, Czech Republic) ,  Dolezel Jaroslav (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Simkova Hana (Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic)
資料名： Plant Genome  (Plant Genome)
巻： 15  号： 1  ページ： e20191  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5739A  ISSN： 1940-3372  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リボソームの4つのRNA成分のうち3つは45SリボソームDNA(rDNA)遺伝子座によりコードされ,それは配列のいくつかのメガ塩基をスパニングするほぼ同一のユニットの長い頭-尾タンデム配列として組織化されている。この構造により,rDNA遺伝子座はゲノム集合におけるギャップの主要源であり,遺伝子コピー数,配列組成,および特定の配列の発現状態は,特に複数の遺伝子座を持つ複雑なゲノムにおいて,不明のままである。ここでは,六倍体パンコムギの45S rDNA遺伝子座を解読するためのマルチオミクス研究を行った。染色体ゲノムと光学マッピングを組み合わせて,個々のrDNAアレイを再構築し,RNAおよび亜硫酸水素配列データからの転写活性およびメチル化状態の遺伝子座特異的解析を可能にした。それぞれ,染色体1B,6B,5Dおよび1Aの短腕に位置する約2,321,3,910,253および50の遺伝子コピーを有するパンコムギゲノムにおける合計6650のrDNA単位を推定した。1Bおよび6B遺伝子座のみが,およそ2:1の比率でrRNA転写に実質的に寄与した。比率は分析した5つの組織(胚,子葉鞘,根端,一次葉,成熟葉)の間で変化し,成熟葉で最も高く(2.64:1),子葉鞘で最低(1.72:1)であった。サイトシンメチル化は,活性1Bおよび6B遺伝子座と比較して,サイレンス5D遺伝子座におけるCHG状況においてかなり高かった。結論として,複雑な倍数体種において,rDNA遺伝子座の微細なゲノム構成と組織特異的発現を初めて解読した。結果をコムギの進化と転写調節との関連で考察した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 水素 ,  メチル化 ,  *DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  rRNA ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  *コムギ ,  *転写【遺伝】 ,  ゲノム ,  *遺伝子座 ,  遺伝的調節 ,  *リボソーム ,  六倍体
準シソーラス用語： *リボソームDNA ,  転写調節 ,  *パンコムギ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (7件)： マルチオミクス ,  解読 ,  パンコムギ ,  リボソームDNA ,  遺伝子座 ,  微細構造 ,  転写