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J-GLOBAL ID：202202260643127751   整理番号：22A1084548

Pectobacterium種およびP.parmentieriの特異的および高感度検出のためのユニークなゲノム領域を標的とする多重TaqManqPCRの開発【JST・京大機械翻訳】

Development of a multiplex TaqMan qPCR targeting unique genomic regions for the specific and sensitive detection of Pectobacterium species and P. parmentieri

著者 (7件)： Arizala Dario (Department of Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawaii at Manoa, Honolulu, Hawaii, USA) ,  Dobhal Shefali (Department of Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawaii at Manoa, Honolulu, Hawaii, USA) ,  Babler Brooke (Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin, USA) ,  Crockford Alex B. (Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin, USA) ,  Rioux Renee A. (Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin, USA) ,  Alvarez Anne M. (Department of Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawaii at Manoa, Honolulu, Hawaii, USA) ,  Arif Mohammad (Department of Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawaii at Manoa, Honolulu, Hawaii, USA)
資料名： Journal of Applied Microbiology  (Journal of Applied Microbiology)
巻： 132  号： 4  ページ： 3089-3110  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0635A  ISSN： 1364-5072  CODEN： JAMIFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【目的】:新しく定義された種Pectobacterium parmentieriは,ジャガイモに軟腐病と黒脚病を引き起こす攻撃的病原体として出現し,世界中で広く普及し,生産性とジャガイモ食品の安全性を危うくしている。迅速で正確な検出ツールの実施は,これらの病原体の更なる広がりを制御し,モニターし,予防するのに不可欠である。本研究の目的は,P.parmentieriを検出し,既知のPectobacterium種からそれを区別するための特異的で高感度のマルチプレックスTaqMan qPCRを開発することであった。分析の信頼性を高めるために普遍的な内部制御を含めた。方法と結果:比較ゲノムアプローチを用いて,Pectobacterium属とP.parmentieriの検出のためのプライマー/プローブ設計のための特異的標的として,O-アセチルトランスフェラーゼとXREファミリー転写調節因子を同定した。特異性は,異なる地理的位置および発生源から分離した,それぞれ,包括性および排除性パネルに含まれる35および25の菌株で評価した。分析は,Pectobacterium sp.と15のP.parmentieri株の全て35株を特異的に検出した。アッセイ検証の間に交差反応性は検出されなかった。本アッセイは10fgゲノムDNAと1CFUml-1細菌培養を検出した。検出閾値(1CFU ml-1)の変化は,反応に宿主組織を添加した後のスパイクアッセイで観察されなかった。分析は,自然および人工的に感染した宿主組織および土壌根圏試料で検証した。標的病原体を含むすべての感染植物試料を,正確に増幅した。結論:提示したマルチプレックスTaqMan qPCR診断アッセイは,Pectobacterium種およびP.parmentieriの検出に対して,偽陰性または偽陰性なしで,非常に特異的で,感受性が高く,信頼性が高い。研究の意義と影響:開発した分析は,種子認証プログラム,監視,バイオセキュリティ,微生物法医学,検疫,境界保護,検査と疫学のような複数の目的に採用できる。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 安全性 ,  信頼性 ,  ジャガイモ ,  種子 ,  DNA【核酸】 ,  *ゲノム ,  *多重化 ,  細菌検査 ,  病原体 ,  疫学 ,  プライマー【遺伝】 ,  認証 ,  *定量的PCR法
準シソーラス用語： 細菌培養 ,  ゲノムDNA ,  発生源 ,  偽陰性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 比較ゲノミクス ,  多重TaqMan qPCR ,  Pectobacterium parmentieri ,  Pectobacterium ,  高感度 ,  特定検出

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (6件)： Pectobacterium ,  高感度 ,  ゲノム ,  標的 ,  多重 ,  開発