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J-GLOBAL ID：202202260862205618   整理番号：22A0415132

再現性のあるメタバーコードデータに向けて:国際交差研究室実験からの教訓【JST・京大機械翻訳】

Towards reproducible metabarcoding data: Lessons from an international cross-laboratory experiment

著者 (30件)： Zaiko Anastasija (Coastal and Freshwater Group, Cawthron Institute, Nelson, New Zealand) ,  Zaiko Anastasija (Institute of Marine Science, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Greenfield Paul (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO), Canberra, Australian Capital Territory, Australia) ,  Greenfield Paul (Environmental (e)DNA and Biomonitoring Lab, Department of Biological Sciences, Macquarie University, Sydney, Australia) ,  Abbott Cathryn (Fisheries and Oceans Canada, Pacific Biological Station, Nanaimo, British Columbia, Canada) ,  von Ammon Ulla (Coastal and Freshwater Group, Cawthron Institute, Nelson, New Zealand) ,  Bilewitch Jaret (National Institute of Water & Atmospheric Research Ltd (NIWA), Hataitai, Wellington, New Zealand) ,  Bunce Michael (Environmental Protection Authority, Wellington, New Zealand) ,  Cristescu Melania E. (McGill University, Montreal, Quebec, Canada) ,  Chariton Anthony (Environmental (e)DNA and Biomonitoring Lab, Department of Biological Sciences, Macquarie University, Sydney, Australia) ,  Dowle Eddy (School of Biomedical Sciences, University of Otago, Dunedin, New Zealand) ,  Geller Jonathan (Moss Landing Marine Laboratories, San Jose State University, Moss Landing, California, USA) ,  Ardura Gutierrez Alba (Department of Functional Biology, University of Oviedo, Oviedo, Spain) ,  Hajibabaei Mehrdad (Canada University of Guelph, Guelph, Canada) ,  Haggard Emmet (Moss Landing Marine Laboratories, San Jose State University, Moss Landing, California, USA) ,  Inglis Graeme J. (National Institute of Water & Atmospheric Research Ltd (NIWA), Christchurch, New Zealand) ,  Lavery Shane D. (Institute of Marine Science, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Lavery Shane D. (School of Biological Sciences, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Samuiloviene Aurelija (Marine Research Institute, Klaipeda University, Klaipeda, Lithuania) ,  Simpson Tiffany (Curtin University, Bentley, Perth, Western Australia, Australia) ,  Stat Michael (The University of Newcastle, Newcastle, New South Wales, Australia) ,  Stephenson Sarah (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO), Canberra, Australian Capital Territory, Australia) ,  Sutherland Judy (National Institute of Water & Atmospheric Research Ltd (NIWA), Hataitai, Wellington, New Zealand) ,  Thakur Vibha (School of Biological Sciences, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Westfall Kristen (Fisheries and Oceans Canada, Pacific Biological Station, Nanaimo, British Columbia, Canada) ,  Wood Susanna A. (Coastal and Freshwater Group, Cawthron Institute, Nelson, New Zealand) ,  Wright Michael (Canada University of Guelph, Guelph, Canada) ,  Zhang Guang (McGill University, Montreal, Quebec, Canada) ,  Pochon Xavier (Coastal and Freshwater Group, Cawthron Institute, Nelson, New Zealand) ,  Pochon Xavier (Institute of Marine Science, University of Auckland, Auckland, New Zealand)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 2  ページ： 519-538  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット配列決定(HTS)の進歩は,複雑な生体試料内の種の迅速,正確,および全体的検出を可能にすることにより海洋環境におけるモニタリングを革命する。世界中の研究機関は生物多様性評価にHTS法を採用する。しかし,実験室手順,分析ワークフローおよび生物情報学パイプラインにおける分散は,研究グループにわたる結果の移転可能性および比較可能性を妨げる。国際実験を行い,異なる実験室手順を用いて同一試料およびプライマーセットに由来するメタバーコーディング結果の一貫性を評価した。4つの沿岸地域(オーストラリア,カナダ,ニュージーランドおよび米国)から採取した均質化生物汚損試料を12の独立した研究所に配布した。参加者は,2つのHTSライブラリー準備ワークフローの1つに従うよう依頼された。DNA抽出,プライマーおよびバイオインフォマティクス分析は,比較を可能にするために意図的に標準化されたが,多くの他の技術的変数が実験室(増幅プロトコル,使用した機器のタイプなど)の間で変化できた。生結果で観察された実質的な変化にもかかわらず,データにおける一次シグナルは一貫性があり,全データセットの地理的起源によって強くグループ分けされた。低品質試料を除去することによる簡単な事後データクリーンアップは,核18S rRNA遺伝子データに対する試料分類において最良の改善を与え,全92.81%の正しいグループ属性を有した。ミトコンドリアCOI遺伝子データでは,汚染誤差の補正後に最良の分類結果(95.58%)が達成された。最大の変動性(保存緩衝液,試料除霜,鋳型濃度,DNAポリメラーゼ,PCRエンハンサー)を導入した同定された重要な方法論的因子は,メタバーコーディングを用いた将来の生物多様性研究の標準化において大きな支援であるべきである。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 標準化 ,  海洋環境 ,  DNAポリメラーゼ ,  rRNA ,  遺伝子 ,  ミトコンドリア ,  生体試料 ,  沿岸地区 ,  *バーコード ,  生物多様性 ,  ワークフロー
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  ハイスループット ,  DNA抽出 ,  バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 18SリボソームrRNA(18S rRNA) ,  ハイスループット配列決定 ,  メタバーコーディング ,  ミトコンドリアチトクロームcオキシダーゼサブユニット1(COI) ,  再現性 ,  標準化

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 再現性 ,  交差 ,  研究 ,  実験 ,  教訓