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J-GLOBAL ID：202202260944244804   整理番号：22A0680310

Trich-tracker ゲノムワイドな遺伝的変異の迅速,費用効果的サンプリングに基づくTrichinella spiralis感染を追跡するための実用的ツール【JST・京大機械翻訳】

Trich-tracker - a practical tool to trace Trichinella spiralis transmission based on rapid, cost-effective sampling of genome-wide genetic variation

著者 (3件)： Bilska-Zajac Ewa (National Veterinary Research Institute in Pulawy, Department of Parasitology and Invasive Diseases, Aleja Partyzantow 56, 24-100 Pulawy, Poland) ,  Rosenthal Benjamin (USDA-Agricultural Research Service, Animal Parasitic Diseases Lab, BARC-East Building 1040, 10300 Baltimore Avenue, 10705 Beltsville, MD, USA) ,  Thompson Peter (USDA-Agricultural Research Service, Animal Parasitic Diseases Lab, BARC-East Building 1040, 10300 Baltimore Avenue, 10705 Beltsville, MD, USA)
資料名： International Journal For Parasitology  (International Journal For Parasitology)
巻： 52  号： 2-3  ページ： 145-155  発行年： 2022年 
JST資料番号： A1169A  ISSN： 0020-7519  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 伝統的な配列決定を用いた分子疫学は,寄生虫間の識別に利用可能な遺伝的変異の欠如のため,近交系寄生虫であまり困難であった。次世代シークエンシング技術は,配列決定できる遺伝子座の数を増加させることにより,この問題に対する解決策を提供する。ここでは,Trichinella spiralisのゲノム全体にわたって分布する診断変異の効率的な利用を,より迅速に,そして決定的に,T.spiralisの焦点発生の間の結合と区別を解決するツール,Trich-trackerを導入した。特に,ポーランド農場と野生生物由来の寄生虫のサンプル間の遺伝的変異を迅速に特性化し,二重消化制限部位関連DNA配列決定(ddRADseq)を用いてゲノム変異をサンプリングした。配列の約400,000塩基が各試料から生成され,約1塩基の頻度で10,000に起こる単一ヌクレオチド多型を持つゲノム全体に分布することを示した。系統発生およびベイズクラスタ分析の両者は,ddRADseq遺伝子型が特異的発生のために異なるクラスターを形成し,野生イノシシ試料とは全く異なることを示した。調査した発生の2つは,他の流行試料よりも互いに類似し,これらの発生間のリンクを示唆した。したがって,Trich-traker法は,前例のない疫学的分解能を与える有益なゲノム変異を同定した。Trich-trakerは,発生研究をサポートするために,T.spiralisの高度に近交系の個体群でさえ,非常に柔軟なツール,迅速かつ安価なマイニングゲノムである。全体の手順の単純さとTrich-Trkerの時間とコスト有効性は,進行中のTrichinella発生における実用化を支持する。このツールの識別力は調整可能でスケーラブルであり,多様な疫学的状況における応用を可能にし,他の寄生虫系に容易に適応できる。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子型 ,  寄生虫 ,  *変異 ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  クラスタ ,  農場 ,  野生生物 ,  クラスタ分析 ,  遺伝学実験技術 ,  *センモウチュウ ,  個体群 ,  疫学 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： *遺伝的変異 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Trichinella spiralis ,  ddRadseq ,  ツール ,  遺伝的変異 ,  発生追跡

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (9件)： ゲノム ,  遺伝的変異 ,  迅速 ,  費用効果 ,  サンプリング ,  Trichinella ,  感染 ,  追跡 ,  ツール