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J-GLOBAL ID：202202261832709399   整理番号：22A0797498

ヤク(Bos grunniens)におけるケラチン遺伝子(KRTs)ファミリーのゲノムワイド同定,特性化及び発現解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of keratin genes (KRTs) family in yak (Bos grunniens)

著者 (15件)： Bao Qi (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Bao Qi (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China) ,  Zhang Xiaolan (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Zhang Xiaolan (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China) ,  Bao Pengjia (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Bao Pengjia (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China) ,  Liang Chunnian (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Liang Chunnian (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China) ,  Guo Xian (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Guo Xian (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China) ,  Yin Mancai (Datong Cattle Farm in Qinghai Province, Xining 810000, China) ,  Chu Min (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Chu Min (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China) ,  Yan Ping (Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China) ,  Yan Ping (Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 818  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 中間フィラメント蛋白質の最大サブグループとして,ケラチンは2種類のサブファミリーに分けられる。現在,いくつかの動物におけるケラチンの分子機構が報告されているが,ヤクでは限られている。ここでは,53の異なる種類のケラチンを,23のI型および30のII型ケラチンを含むヤクゲノムにおいて同定した。本研究におけるバイオインフォマティクス解析は,複数のリン酸化部位がすべてのファミリーメンバーの間で同定されたことを明らかにした。そして,これらの蛋白質の細胞内局在は,核,細胞骨格,および細胞質にあると予測された。すべてのケラチンファミリー蛋白質は不安定であり,不安定性係数のスコアは40より高かった。系統発生解析は,配列保存とグループ化の高い一貫性結果が,ヤク,ヒツジ,ウシ,マウス,ラット,およびヒトのゲノムにおいて見つかったことを示した。トランスクリプトームデータから得られた発現パターンに基づいて,ケラチン遺伝子(KRTs)を5つのクラスタにグループ分けし,結果はまた,KRTがヤクの毛周期の間に皮膚組織で高度に活性化されることを示した。5つのクラスターの中で,クラスタIIは,ヤク毛嚢サイクルの主要な発現パターンであり,続いてクラスタIIIであった,最もKRTsを含んでいた。これらの結果は,テロゲンからアゲナンへの遷移期間とカタゲンからテロゲンへの移行期がヤクにおいて高度に動的であることを示した。遺伝子発現相関分析は,KRTが毛包発生サイクルを通して強い相関(主に正の相関)を示した。そして,本研究における毛包発達に関連する特異的モジュールにおけるハブKRTの同定を,重量遺伝子共発現ネットワーク分析(WGCNA)を用いて行った。KRTsを含む特異的モジュールは,暗緑色(KRT40),ダークグレイ(KRT5),クォーズ(KRT1,KRT2,KRT10),ビスケ4(KRT4),このtle2(KRT9,KRT39),および黄緑色(KRT24)であった。相互作用ネットワークは,これらの遺伝子が細胞周期,メラニン形成,毛包発生,ケラチン細胞増殖の調節に関連することを示した。本研究は,B.grunnienにおけるケラチンファミリーの進化関係および分子機構の研究に対する理論的サポートを提供した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  ネットワーク ,  皮膚 ,  *遺伝子 ,  *ケラチン ,  ヒツジ ,  ヒト ,  マウス ,  ラット ,  細胞周期 ,  クラスタ ,  毛包 ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： 共発現 ,  細胞内局在 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ケラチン ,  KRT ,  生物情報学 ,  発現解析 ,  ヤク

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (8件)： ヤク ,  ケラチン ,  遺伝子 ,  ファミリー ,  ゲノム ,  同定 ,  特性化 ,  発現解析