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J-GLOBAL ID：202202261924322917   整理番号：22A0951201

構造条件アミノ酸カップリング:接触幾何学は対配列優先性にどのように影響するか【JST・京大機械翻訳】

Structure-conditioned amino-acid couplings: How contact geometry affects pairwise sequence preferences

著者 (2件)： Holland Jack (Department of Computer Science, Dartmouth College, Hanover, New Hampshire, USA) ,  Grigoryan Gevorg (Department of Computer Science, Dartmouth College, Hanover, New Hampshire, USA)
資料名： Protein Science  (Protein Science)
巻： 31  号： 4  ページ： 900-917  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2730A  ISSN： 0961-8368  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質の配列をその立体配座に関連付けることは,構造予測と配列設計の両方にとって中心的課題である。側鎖配向と他の幾何学的記述子を説明するそれらのより記述的バージョンと同様に,統計的接触ポテンシャルは,配列構造関係における二次寄与を表現するための単純化的ではあるが有用な手段として役立った。ここでは,ペアワイズポテンシャルが相互作用バックボーンフラグメントの完全に定義された形状に条件付けされた時に起こる。その結果,得られた構造調整結合エネルギーは,構造コンテキストの関数として対選好をより正確に反映することを示した。これらの構造条件エネルギーは,自然配列情報をより確実にコード化し,実験的に決定した結合エネルギーとより高度に相関する。構造による相互作用モチーフのデータベースのクラスタ化は,類似したエネルギーのアンサンブルと類似の構造のアンサンブルにおけるエネルギー結果によってそれらをクラスタ化する。相互作用モチーフの多くのペアを比較し,構造的類似性とエネルギー類似性がハンドインハンドで,モジュラ配列と構造要素の間のタンジブルリンクを提供することを示した。このリンクは構造モデリングに適用可能であり,構造化条件エネルギーによるCASPモデルのスコアリングは,接触ポテンシャルを持つ同じモデルのスコアリングよりも構造品質と実質的に高い相関をもたらすことを示す。構造調整結合エネルギーは,二次配列選択に対する相互作用幾何学の影響をモデル化するための良い方法であると結論した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 関数 ,  *幾何学 ,  結合エネルギー ,  相互作用 ,  立体配座 ,  エネルギー ,  簡素化 ,  データベース ,  *アミノ酸 ,  タンパク質 ,  クラスタ化 ,  モデリング ,  側鎖
準シソーラス用語： 構造モデル ,  スコア化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 接触ポテンシャル ,  結合エネルギー ,  配列-構造関係 ,  統計的エネルギー ,  構造モデリング ,  第三モチーフ

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： アミノ酸 ,  カップリング ,  幾何学 ,  優先