文献

J-GLOBAL ID：202202261938196887   整理番号：22A0321772

Burkholderia菌からの創薬のための潜在的新規生合成遺伝子クラスターのin silicoゲノムマイニング【JST・京大機械翻訳】

In silico genome mining of potential novel biosynthetic gene clusters for drug discovery from Burkholderia bacteria

著者 (7件)： Alam Khorshed (Helmholtz International Lab for Anti-Infectives, Shandong University-Helmholtz Institute of Biotechnology, State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao, 266237, PR China) ,  Islam Md Mahmudul (Department of Microbiology, Rajshahi Institute of Biosciences (RIB), Affi. University of Rajshahi, Rajshahi, 6212, Bangladesh) ,  Gong Kai (Helmholtz International Lab for Anti-Infectives, Shandong University-Helmholtz Institute of Biotechnology, State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao, 266237, PR China) ,  Abbasi Muhammad Nazeer (Helmholtz International Lab for Anti-Infectives, Shandong University-Helmholtz Institute of Biotechnology, State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao, 266237, PR China) ,  Li Ruijuan (Helmholtz International Lab for Anti-Infectives, Shandong University-Helmholtz Institute of Biotechnology, State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao, 266237, PR China) ,  Zhang Youming (Helmholtz International Lab for Anti-Infectives, Shandong University-Helmholtz Institute of Biotechnology, State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao, 266237, PR China) ,  Li Aiying (Helmholtz International Lab for Anti-Infectives, Shandong University-Helmholtz Institute of Biotechnology, State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao, 266237, PR China)
資料名： Computers in Biology and Medicine  (Computers in Biology and Medicine)
巻： 140  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0858A  ISSN： 0010-4825  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新たな資源として,グラム陰性Burkholderia菌は,潜在的治療およびバイオテクノロジー応用を有する広範囲の生物活性二次代謝産物を生産することができた。ゲノムマイニングは,Burkholderiaゲノム配列数の増加による天然産物多様性のスクリーニングと同定のための影響力のあるプラットフォームとして浮上している。ここでは,潜在的生合成遺伝子クラスター(BGC)のゲノムマイニングと,好発的な生産Burkholderia菌株の優先順位付けのために,著者らは,公開利用可能な248のBurkholderia種の完全なゲノム配列のコンピュータ解析を使用して,主要なBGC群の種進化と分布の間の関係を調査した。Burkholderia門におけるBGCの有意に異なる分布パターンを,遺伝的に非常に類似した菌株間で明らかにした。暗号化または既知テルペン,非リボソームペプチド(NRP)およびいくつかのハイブリッドBGCの生合成のためのいくつかの代表的および最も一般的なBGCを含むBurkholderiaにおける様々なタイプのBGCを見出した。また,Burkholderiaは,多くの非特定BGCを含み,新規化合物を生産する高いポテンシャルを示すことを観察した。例としてRiPPs(リボソーム合成及び翻訳後修飾ペプチド)及びテキソバクチン様BGCのBGCの解析は,種レベル及び代謝産物のプレジカチオンにおけるBurkholderiaにおけるRiPP BGCの広範な分類及び多様性を示した。結論として,特定の属BurkholderiaのBGCに関するin silicoにおける最大調査として,我々のデータは,系統発生変化に密接に関連するBurkholderiaおよびBGC分布における天然物の大きな多様性を意味し,これらの微生物からの新しい薬物分子の同定に用いる異なるまたは同時の戦略が,薬剤発見のための潜在的BGCおよび増殖性生産菌株の選択に重要であることを示唆した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *生合成 ,  ペプチド ,  *遺伝 ,  ヌクレオチド配列 ,  系統発生 ,  生物活性 ,  リボソーム ,  *遺伝学実験技術 ,  バイオテクノロジー ,  二次代謝産物 ,  *Burkholderia
準シソーラス用語： *in silico ,  *創薬 ,  ゲノム配列 ,  *遺伝子クラスタ ,  非リボソームペプチド ,  *ゲノムマイニング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Burkholderia ,  ゲノムマイニング ,  薬物発見 ,  生合成遺伝子クラスターの多様性 ,  系統学的変異

分類 (3件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  代謝と栄養  (EG03054K) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： Burkholderia ,  菌 ,  創薬 ,  生合成遺伝子 ,  クラスター ,  ゲノムマイニング