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J-GLOBAL ID：202202262553971025   整理番号：22A1179917

統合バイオインフォマティクス分析を用いた皮膚黒色腫に対する潜在的バイオマーカーと小分子薬物の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Potential Biomarkers and Small Molecule Drugs for Cutaneous Melanoma Using Integrated Bioinformatic Analysis

著者 (7件)： Liu Yong (1School of Life Science, Beijing University of Chinese Medicine, Beijing, China) ,  Liu Yong (2Department of Dermatology, Shaanxi Provincial Hospital of Traditional Chinese Medicine, Xi’an, China) ,  Sun Jiayi (1School of Life Science, Beijing University of Chinese Medicine, Beijing, China) ,  Han Dongran (1School of Life Science, Beijing University of Chinese Medicine, Beijing, China) ,  Cui Shengnan (3Xiyuan Hospital, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing, China) ,  Cui Shengnan (4Graduate School, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing, China) ,  Yan Xiaoning (2Department of Dermatology, Shaanxi Provincial Hospital of Traditional Chinese Medicine, Xi’an, China)
資料名： Frontiers in Cell and Developmental Biology (Web)  (Frontiers in Cell and Developmental Biology (Web))
巻： 10  ページ： 858633  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7062A  ISSN： 2296-634X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:皮膚黒色腫(CM)は,高い致死率を有する皮膚癌の型であり,その病因はまだ完全には解明されていない。方法:遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースを通してCMの遺伝子発現データセットを得た。続いて,ロバストランク凝集(RRA)法を用いて,CM症例と正常皮膚対照の間の差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。遺伝子機能アノテーションを行い,DEGの潜在的機能を調べた。相互作用遺伝子データベース検索ツール(STRING)により蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークを構築し,分子複雑性検出(MCODE)によりハブモジュールを選択した。さらに,TCGA-TEXデータセットを用いて,これらの結果を検証した。最後に,潜在的小分子薬剤をCMapデータベースにより予測し,分子ドッキング法により検証した。【結果】:合計135のDEGを,RRA合成分析によって得た。GMPR,EMP3,SLC45A2,PDZD2,NPY1R,DLG5およびADH1BをCMの潜在的標的としてスクリーニングした。フラゾリドンはCMの治療に対する可能性のある小分子薬剤としてスクリーニングされ,その機構は,CMPRに対する作用によるCM細胞増殖の阻害と関係する可能性があり,CMおよびフラゾリドンと関係した7種類の予後治療標的を同定し,CM治療に対する可能性のある薬剤として使用でき,CMの治療および予防に対する新しい予後マーカー,可能性のある治療標的および小分子薬剤を提供した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 凝集 ,  *情報科学 ,  データベース ,  ネットワーク ,  *生物学 ,  遺伝子 ,  致死率 ,  細胞増殖 ,  予後 ,  *小分子 ,  遺伝子発現 ,  *バイオマーカー ,  病因 ,  アノテーション
準シソーラス用語： *バイオインフォマティクス ,  治療標的 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 皮膚黒色腫 ,  正常皮膚 ,  予後 ,  フラゾリドン ,  生物情報学

分類 (4件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  循環系の基礎医学  (GJ01020K)

引用文献 (49件)：

• ArozarenaI., BischofH., GilbyD., BelloniB., DummerR., WellbrockC. (2011). In Melanoma, Beta-Catenin Is a Suppressor of Invasion. Oncogene 30, 4531-4543. doi: 10.1038/onc.2011.162
• BaderG. D., HogueC. W. (2003). An Automated Method for Finding Molecular Complexes in Large Protein Interaction Networks. BMC Bioinformatics 4, 2. doi: 10.1186/1471-2105-4-2
• Bianchi-SmiragliaA., BagatiA., FinkE. E., MoparthyS., WawrzyniakJ. A., MarvinE. K., et al (2017). Microphthalmia-associated Transcription Factor Suppresses Invasion by Reducing Intracellular GTP Pools. Oncogene 36, 84-96. doi: 10.1038/onc.2016.178
• BöhmeI., BosserhoffA. K. (2016). Acidic Tumor Microenvironment in Human Melanoma. Pigment Cel Melanoma Res. 29, 508-523. doi: 10.1111/pcmr.12495
• CarreiraS., GoodallJ., DenatL., RodriguezM., NuciforoP., HoekK. S., et al (2006). Mitf Regulation of Dia1 Controls Melanoma Proliferation and Invasiveness. Genes Dev. 20, 3426-3439. doi: 10.1101/gad.406406

タイトルに関連する用語 (8件)： 統合 ,  バイオインフォマティクス ,  分析 ,  皮膚黒色腫 ,  バイオマーカー ,  小分子 ,  薬物 ,  同定