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J-GLOBAL ID：202202262688876259   整理番号：22A1178680

ナノポアとイルミナシークエンシングの統合解析はブタ背最長筋における選択的スプライシング複雑性を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Integrative Analysis of Nanopore and Illumina Sequencing Reveals Alternative Splicing Complexity in Pig Longissimus Dorsi Muscle

著者 (7件)： Shu Ze (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Wang Ligang (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Wang Jinbu (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Zhang Longchao (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Hou Xinhua (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Yan Hua (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Wang Lixian (Key Laboratory of Farm Animal Genetic Resources and Germplasm Innovation of Ministry of Agriculture of China, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 877646  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 選択的スプライシング(AS)は,筋肉内脂肪(IMF)に影響を及ぼすことができる遺伝子発現の転写後調節における重要段階である。本研究では,高および低IMF群の30匹のブタからの背最長筋を用いて,Oxford Nanopore Technologies(ONT)完全長配列決定およびIllumina鎖特異的RNA-seqを実施した。全部で43,688の完全長転写物を同定し,4,322の新規遺伝子と30,795の新規転写物を同定した。AStalavistaを用いて,合計14,728AS事象を背最長筋で検出した。遺伝子の約17.79%がスプライシングイソ型を産生し,そこではエキソンスキッピングが最も頻繁なAS事象であった。mRNAとスプライシングイソ型の発現差を分析することによって,スプライシングイソ型を持つ差次的に発現したmRNAは骨格筋発生と脂肪酸代謝に関与し,筋肉関連形質を決定する可能性があることを見出した。SERBP1,MYL1,TNNT3,およびTNNT1は,複数のスプライシングイソ型で同定され,発現に有意差があった。IFI6とGADD45Gで生じるAS事象は,遺伝子発現における有意差を引き起こす可能性がある。ONT.15153.3のような他のAS事象は,異なる転写物の発現を調節することによりART1の機能を調節する可能性がある。さらに,共発現と蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)分析は,いくつかの遺伝子(MRPL27,AAR2,PYGM,PSMD4,SCNM1,およびHNRNPDL)が筋肉内脂肪に関連するかもしれないことを示した。本研究で検討したスプライシングイソ型は筋肉内脂肪沈着の代替スプライシング調節の研究に対する参照を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 筋肉 ,  RNA【核酸】 ,  mRNA ,  遺伝子 ,  脂肪組織 ,  転写【遺伝】 ,  *ブタ ,  脂質代謝 ,  遺伝的調節 ,  *背最長筋 ,  遺伝学実験技術 ,  *RNAスプライシング ,  *選択的スプライシング
準シソーラス用語： 脂肪酸代謝 ,  共発現 ,  転写後調節 ,  筋肉内脂肪 ,  エキソンスキッピング ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 選択的スプライシング ,  ブタ ,  筋肉内脂肪 ,  ナノポア配列決定 ,  RNA-seq

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (53件)：

• AlfaiaC. M., LopesP. A., MadeiraM. S., PestanaJ. M., CoelhoD., ToldráF., et al (2019). Current Feeding Strategies to Improve Pork Intramuscular Fat Content and its Nutritional Quality. Adv. Food Nutr. Res. 89, 53-94. doi: 10.1016/bs.afnr.2019.03.006
• AliA., ThorgaardG. H., SalemM. (2021). PacBio Iso-Seq Improves the Rainbow Trout Genome Annotation and Identifies Alternative Splicing Associated with Economically Important Phenotypes. Front. Genet. 12, 683408. doi: 10.3389/fgene.2021.683408
• BeikiH., LiuH., HuangJ., ManchandaN., NonnemanD., SmithT. P. L., et al (2019). Improved Annotation of the Domestic Pig Genome through Integration of Iso-Seq and RNA-Seq Data. BMC Genomics 20 (1), 344. doi: 10.1186/s12864-019-5709-y
• BogatikovE., LindbladI., PungaT., PungaA. R. (2020). miR-1933-3p Is Upregulated in Skeletal Muscles of MuSK+ EAMG Mice and Affects Impa1 and Mrpl27. Neurosci. Res. 151, 46-52. doi: 10.1016/j.neures.2019.02.003
• BongJ., ChoK., BaikM. (2009). Comparison of Gene Expression Profiling between Bovine Subcutaneous and Intramusular Adipose Tissues by Serial Analysis of Gene Expression. Cell Biol. Int. 34 (1), 125-133. doi: 10.1042/CBI20090046

タイトルに関連する用語 (6件)： ナノポア ,  統合解析 ,  ブタ ,  背最長筋 ,  選択的スプライシング ,  複雑性