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J-GLOBAL ID：202202263114875101   整理番号：22A1074284

CELLO-seqによる単一細胞の転位因子の座位特異的発現

Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq

著者 (21件)： BERRENS Rebecca V. (Cancer Res. UK Cambridge Inst., Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  LUN Aaron T. L. (Cancer Res. UK Cambridge Inst., Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  BIEBERICH Florian (Cancer Res. UK Cambridge Inst., Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  LAW Cheuk-Ting (Cancer Res. UK Cambridge Inst., Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  LAN Guocheng (Cancer Res. UK Cambridge Inst., Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  MARIONI John C. (Cancer Res. UK Cambridge Inst., Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  BERRENS Rebecca V. (Developmental Epigenetics, Dep. of Biochemistry, Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  BOWNESS Joseph S. (Developmental Epigenetics, Dep. of Biochemistry, Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  BROCKDORFF Neil (Developmental Epigenetics, Dep. of Biochemistry, Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  YANG Andrian (European Molecular Biology Lab., European Bioinformatics Inst., Cambridge, GBR) ,  LAUMER Christopher E. (European Molecular Biology Lab., European Bioinformatics Inst., Cambridge, GBR) ,  MARIONI John C. (European Molecular Biology Lab., European Bioinformatics Inst., Cambridge, GBR) ,  IMAZ Maria (Wellcome Sanger Inst., Cambridge, GBR) ,  GAFFNEY Daniel J. (Wellcome Sanger Inst., Cambridge, GBR) ,  MARIONI John C. (Wellcome Sanger Inst., Cambridge, GBR) ,  LUN Aaron T. L. (Genentech, South San Francisco, CA, USA) ,  BIEBERICH Florian (ETH Zuerich, Basel, CHE) ,  LAW Cheuk-Ting (Dep. of Pathology, Li Ka Shing Fac. of Medicine, Univ. Hong Kong, Pok Fu Lam, HKG) ,  LAN Guocheng (School of Biomedical Sci., Stem Cell and Regenerative Consortium, Centre for PanorOmic Sci., Li Ka Shing Fac. of Medicine, Univ. Hong Kong, Pok Fu Lam, HKG) ,  IMAZ Maria (Div. of Cardiovascular Medicine, Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  GAFFNEY Daniel J. (Genomics Plc, Oxford, GBR)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 40  号： 4  ページ： 546-554  発行年： 2022年04月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転位因子(transposable element;TE)は,初期発生からがんまでのさまざまな生物学的過程を調節している。新しいTEの発現を次世代型の単一細胞塩基配列解読技術で測定することは困難であり,これは新しいTEの反復性が高く,短い相補的なDNAリードを特定の座位に明確にマッピングできないためである。CELLO-seq(Single CELl LOng-read RNA-sequencing)は,ロングリードの単一細胞RNA塩基配列解読をコンピューターによる解析と組み合わせ,特定座位でのTEの発現を測定する。CELLO-seqを用いることにより,マウス2細胞割球とヒト人工多能性幹細胞で広範なTE発現を評価した。どちらの種でも,古いTEと新しいTEは座位特異的な発現の証拠を示し,シミュレーションにより,参照ゲノムに高い信頼度でマッピングし直すことができないのはマウスの極めて新しい因子のごく一部のみであることが示された。個別の因子の発現と推定上の調節因子の発現の関係を調べたところ,大きな不均一性が明らかになり,1つのクラス内のTEにさまざまな相関パターンが認められ,異なる調節機構が示唆された。Copyright Nature Japan KK 2022

シソーラス用語： 信頼度 ,  DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  *細胞 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  マウス ,  ゲノム ,  *座位 ,  *転移性遺伝要素 ,  コンピュータ ,  iPS細胞
準シソーラス用語： 割球 ,  調節因子 ,  *単一細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 細胞生理一般  (EF02010S) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 単一細胞 ,  転位因子 ,  座位 ,  発現