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J-GLOBAL ID：202202264146178125   整理番号：22A0473933

Yunlong grouper(Epinephelus moara ΔΣ Epinephelus lanceolatus)のlordosisに関与する比較トランスクリプトミクス解析および候補ネットワークと遺伝子の解明【JST・京大機械翻訳】

Comparative transcriptomics analyses and revealing candidate networks and genes involved in lordosis of the Yunlong grouper (Epinephelus moara ♀ × Epinephelus lanceolatus ♂)

著者 (21件)： Li Zhentong (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Li Zhentong (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266000, China) ,  Li Zhentong (College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China) ,  Tian Yongsheng (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Tian Yongsheng (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266000, China) ,  Wang Linna (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Wang Linna (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266000, China) ,  Li Ziqi (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Li Ziqi (College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China) ,  Chen Shuai (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Chen Shuai (College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China) ,  Li Linlin (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Li Linlin (Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, China) ,  Liu Yang (Key Laboratory for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China) ,  Liu Yang (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266000, China) ,  Li Wensheng (Mingbo Aquatic Co. Ltd, Laizhou 261400, China) ,  Pang Zunfang (Mingbo Aquatic Co. Ltd, Laizhou 261400, China) ,  Ma Wenhui (Mingbo Aquatic Co. Ltd, Laizhou 261400, China) ,  Wang Qingbin (Mingbo Aquatic Co. Ltd, Laizhou 261400, China) ,  Li Bo (Mingbo Aquatic Co. Ltd, Laizhou 261400, China) ,  Zhai Jieming (Mingbo Aquatic Co. Ltd, Laizhou 261400, China)
資料名： Aquaculture  (Aquaculture)
巻： 550  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0784A  ISSN： 0044-8486  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： グループは中国の経済的に重要な魚である。しかし,それは骨格異常の高頻度,特に脊椎変形を示す。魚脊椎変形の根底にある分子機構はまだ十分に理解されていない。本研究では,HiSeq 4000プラットフォーム(Illumina)を用いて,Yunlong群の前葉(LF)の正常魚(NF)および魚からの脳,下垂体および椎骨のトランスクリプトームプロファイルを分析した。合計87,888のユニジーンを,201から28,922bpおよび2670bpのN50長さで変化する長さで組み立てた。合計36,268のユニジーンをBLASTアラインメントによって機能的に注釈付けした。全部で2875の有意に異なる発現遺伝子(DEG)をNF群とLF群の間で同定し,706の上方制御された単遺伝子および2169の下方制御された単遺伝子を含むLF群が含まれた。GOおよびKEGG経路濃縮分析は,DNA結合,膜貫通受容体活性,サイトカイン受容体相互作用,神経活性リガンド-受容体相互作用,カルシウムシグナリング経路およびECM-受容体相互作用HIF-1シグナリング経路およびミネラル吸収が,脊椎変形の形成に関与することを示した。さらに,加重遺伝子共発現ネットワーク解析は,3つのモジュール(クォーズ,黄色,および青)を含み,脊椎変形によって有意に正に補正された。これら3つのモジュールを含むネットワークマップは,クローディン-22様(cldn22),フィブロネクチンIII型ドメイン含有蛋白質1イソ型X2(fndc1l2),E3ユビキチン-蛋白質リガーゼNRDP1様(rnf41),およびカテニンα-2(ctnna1)を含む一連のハブ遺伝子の同定を可能にした。青色モジュールにおけるほとんどの遺伝子のレベルがパルブアルブミン,胸腺CPV3様イソ型X2(ocm),血小板糖蛋白質Ibα鎖(gp1ba),およびマトリックスメタロプロテイナーゼ-9(mmp9)の発現に密接に関連し,このモジュールが骨格発達と関連することを示唆した。Unigene0067643,Unigene0056862,およびUnigene0059867を含む既知の骨関連遺伝子に関連するいくつかの未特性化遺伝子を,加重遺伝子共発現ネットワーク分析によって検出した。これらのネットワークと遺伝子の詳細な機能的研究は,魚類における前葉形成の基礎となる分子機構の理解をさらに改善するであろう。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  相互作用 ,  *ネットワーク ,  *遺伝子 ,  胸腺 ,  糖タンパク質 ,  脊柱変形 ,  アップレギュレーション ,  マトリックスメタロプロテイナーゼ ,  トランスクリプトーム ,  カテニン
準シソーラス用語： リガンド ,  *トランスクリプトーム解析 ,  分子機構 ,  共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Yunlong grouper(Epinephelus moara ΔΣ E.lanceolatus ππ) ,  Lordosis ,  トランスクリプトーム ,  重み付き遺伝子共発現ネットワーク解析

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  昆虫・ダニによる植物被害  (FC04072U) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： Epinephelus ,  トランスクリプトミクス ,  解析 ,  遺伝子