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J-GLOBAL ID：202202264770669191   整理番号：22A0649901

ベンゾオキサジンアセトアミド足場を有する新規DNAギラーゼB阻害剤を同定するための薬理作用団に基づく仮想スクリーニングと分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Pharmacophore-Based Virtual Screening and Molecular Dynamics Simulation for Identification of a Novel DNA Gyrase B Inhibitor with Benzoxazine Acetamide Scaffold

著者 (2件)： Elseginy Samia A. (Green Chemistry Department, Chemical Industries Research Division, National Research Centre, Egypt) ,  Anwar Manal M. (Therapeutical Chemistry Department, National Research Centre, Egypt)
資料名： ACS Omega  (ACS Omega)
巻： 7  号： 1  ページ： 1150-1164  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5044A  ISSN： 2470-1343  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAギラーゼBは,抗微生物薬開発の酵素標的の1つであり,哺乳類におけるその不在は,安全な抗菌剤の創製のための適切な標的である。本研究では,3D-薬理作用団構造に基づく仮想スクリーニングを用いて,本研究でDNAギラーゼB阻害剤として6つの新規ヒットを同定した。鉛化合物は薬物様規則と一致し,毒性を欠いている。化合物4(ZINC32858011)は,DNAギラーゼ酵素に対して6.3±0.1μMのIC_50値で最も高い阻害活性を示した。対照的に,酵素阻害アッセイで用いた陽性対照シプロフロキサシンおよびノボビオシンは,それぞれ14.4±0.2および12.4±0.2μMのIC_50値を示した。6つのヒットの分子ドッキングは,化合物1,2,4,および6が結合ポケット内で適切なフィッティングモードを有することを示した。6つのヒットとrmsd,rmsf,回転半径,およびDNAギラーゼB蛋白質と複合した6つの化合物の100ns分子動力学シミュレーションから得た溶媒接近可能表面積パラメータについて分子動力学シミュレーションを行い,化合物4(ZINC32858011)がDNAギラーゼBと最も安定な複合体を形成することを示した。MM-PBSA法による結合自由エネルギー計算は,van der Waals相互作用とそれに続く静電力が結合において顕著な役割を果たすことを示唆した。残基フリー結合エネルギー分解により,Ile78は結合エネルギーに最も寄与し,Asn46,Asp49,Glu50,Asp73,Ile78,Pro79,Ala86,Ile90,Val120,Thr165及びVal167が続いた。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 結合エネルギー ,  ターゲット ,  ドッキング ,  抗細菌薬 ,  酵素阻害 ,  タンパク質 ,  結合部位 ,  複合体 ,  *化合物 ,  三次元 ,  *DNAトポイソメラーゼII ,  分子認識
準シソーラス用語： *DNAギラーゼ ,  *分子動力学シミュレーション ,  分子ドッキング ,  *バーチャルスクリーニング ,  *ファーマコホア ,  阻害活性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W)

タイトルに関連する用語 (7件)： 足場 ,  DNAギラーゼ ,  阻害剤 ,  同定 ,  薬理作用団 ,  仮想スクリーニング ,  分子動力学シミュレーション