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J-GLOBAL ID：202202265371002379   整理番号：22A0493883

多重レプリカ分子動力学シミュレーションにより解読されたSARS-CoV-2主要プロテアーゼに対する阻害剤の結合機構【JST・京大機械翻訳】

Binding mechanism of inhibitors to SARS-CoV-2 main protease deciphered by multiple replica molecular dynamics simulations

著者 (6件)： Liang Shanshan (School of Physics and Electronics, Shandong Normal University, Jinan, 250358, China. [e-mail]) ,  Liu Xinguo ,  Zhang Shaolong ,  Li Meng ,  Zhang Qinggang ,  Chen Jianzhong
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 24  号： 3  ページ： 1743-1759  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： SARS-CoV-2による発生は,広範な世界的な注目を集めている。SARS-CoV-2における主要プロテアーゼ(Mpro)は,ヒト相同体を持たないので,偶発的薬物による宿主蛋白質の標的化の可能性を低減することが可能である。このように,Mproは抗SARS-CoV-2治療に対する効率的な薬剤設計の魅力的な標的である。本研究では,多重レプリカ分子動力学(MRMD)シミュレーション,主成分分析(PCA),自由エネルギー景観(FELs),および分子力学一般化Born表面積(MM-GBSA)法を,Mproに対する4つの阻害剤マシチニブ,O6K,FJCおよびGQUの結合機構を解読するために一緒に統合した。結果は,4つの阻害剤の結合が,重要な残基の二面角変化と共にMproの構造柔軟性と内部動力学に明らかに影響を与えることを示した。FELsの解析は,Mproに対する阻害剤の相対的配向と幾何学的位置の安定性が阻害剤結合に好ましいことを明らかにした。残基に基づく自由エネルギー分解は,水素結合相互作用と疎水性相互作用を含む阻害剤-Mpro相互作用ネットワークがMproに対する強力な阻害剤の設計に重要な情報を提供することを明らかにした。計算アラニン走査により同定されたH41,M49,F140,N142,G143,C145,H163,H164,M165,E166およびQ189を含むホットスポット残基は,Mproの活性を阻害する臨床的に利用可能な阻害剤の信頼できる標的と考えられる。Copyright 2022 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *シミュレーション ,  ネットワーク ,  ヒト ,  *多重化 ,  *ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  ドラッグデザイン ,  ホットスポット ,  主成分分析 ,  *分子動力学 ,  ターゲティング ,  疎水性相互作用 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： アラニン

タイトルに関連する用語 (7件)： 多重 ,  レプリカ ,  分子動力学シミュレーション ,  解読 ,  SARS-CoV-2 ,  プロテアーゼ ,  阻害剤