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J-GLOBAL ID：202202265458874246   整理番号：22A1175749

シークエンシングライブラリ調製の効率および製品収率を向上させた改良プロトコル【JST・京大機械翻訳】

A modified protocol with less clean-up steps increased efficiency and product yield of sequencing library preparation

著者 (4件)： Huang Junman (Shanghai Universities Key Laboratory of Marine Animal Taxonomy and Evolution, Shanghai Ocean University, Shanghai, China) ,  Huang Junman (Engineering Research Center of Environmental DNA and Ecological Water Health Assessment, Shanghai Ocean University, Shanghai, China) ,  Li Chenhong (Shanghai Universities Key Laboratory of Marine Animal Taxonomy and Evolution, Shanghai Ocean University, Shanghai, China) ,  Li Chenhong (Engineering Research Center of Environmental DNA and Ecological Water Health Assessment, Shanghai Ocean University, Shanghai, China)
資料名： 3 Biotech  (3 Biotech)
巻： 12  号： 5  ページ： 111  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3974A  ISSN： 2190-5738  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ライブラリー調製は,全ゲノム配列決定,還元表現ゲノム配列決定,エキソーム配列決定およびトランスクリプトーム配列決定のような次世代配列決定のための必須段階である。ライブラリー調製はしばしばDNA断片化,末端修復,ライゲーション及び増幅を含む多くの段階を含む。各段階は異なる酵素と緩衝系を含み,多くの洗浄段階が以前の段階から酵素と溶質をクリーンアップするために実行される。それらの余分な洗浄段階は,退屈で高価であるだけでなく,より重要なことに,交差汚染を導入し,最終ライブラリー収率を低下させる可能性がある。ここでは,高温による酵素の不活性化による洗浄段階を低減するために,Illuminaライブラリーの共通プロトコルを修正した。修正プロトコルは,元のものより2つの洗浄段階を少なくし,それは40分以上のハンドオン時間を節約でき,交差汚染の潜在的リスクを低減することができる。Tetraodonニグロビリジンの200ngDNAを用いてライブラリーを構築することにより,このプロトコルを元のものと比較した。その結果,修飾プロトコルで調製したライブラリーは,元のプロトコル(53.4±16.8ng/ml対8±0.7ng/ml)を用いた場合よりも高い収率を示したが,被覆率とPCR重複率は類似していた。さらに,DNA剪断後の非常に最初の洗浄段階を除去して,短いDNA断片を保存し,それは0.82から2.99%まで100bpのDNA未満の断片の割合を増加させた。結論として,修正プロトコルを用いることは,時間と金銭を節約できるだけでなく,より高い収率を発生し,より短いDNA断片を維持することができる。Copyright King Abdulaziz City for Science and Technology 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 高温 ,  剪断 ,  酵素 ,  DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド配列 ,  *プロトコル ,  溶質 ,  不活性化 ,  被覆率 ,  クリーンアップ法 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： Tetraodon ,  DNA断片化 ,  ゲノム配列 ,  エクソーム ,  DNA断片 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 図書館の準備 ,  浄化 ,  費用効果 ,  交差汚染 ,  短いフラグメント

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  動物の生化学  (EJ01050P)

タイトルに関連する用語 (3件)： 調製 ,  収率 ,  プロトコル