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J-GLOBAL ID：202202265636887467   整理番号：22A1177567

Leptolyngbyaceae内の新規好熱性シアノバクテリア,Leptothermofonsia sichuanensis gen.sp.nov.の多相同定とゲノム洞察【JST・京大機械翻訳】

Polyphasic Identification and Genomic Insights of Leptothermofonsia sichuanensis gen. sp. nov., a Novel Thermophilic Cyanobacteria Within Leptolyngbyaceae

著者 (12件)： Tang Jie (Antibiotics Research and Re-evaluation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Industrial Institute of Antibiotics, Chengdu University, Chengdu, China) ,  Shah Mahfuzur R. (School of Environment and Energy, Peking University Shenzhen Graduate School, Shenzhen, China) ,  Yao Dan (Antibiotics Research and Re-evaluation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Industrial Institute of Antibiotics, Chengdu University, Chengdu, China) ,  Jiang Ying (School of Environment and Energy, Peking University Shenzhen Graduate School, Shenzhen, China) ,  Du Lianming (Antibiotics Research and Re-evaluation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Industrial Institute of Antibiotics, Chengdu University, Chengdu, China) ,  Zhao Kelei (Antibiotics Research and Re-evaluation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Industrial Institute of Antibiotics, Chengdu University, Chengdu, China) ,  Li Liheng (School of Environment and Energy, Peking University Shenzhen Graduate School, Shenzhen, China) ,  Li Meijin (School of Environment and Energy, Peking University Shenzhen Graduate School, Shenzhen, China) ,  Waleron Michal M. (Department of Pharmaceutical Microbiology, Faculty of Pharmacy Medical University of Gdansk, Gdansk, Poland) ,  Waleron Malgorzata (Laboratory of Plant Protection and Biotechnology, Intercollegiate Faculty of Biotechnology University of Gdansk and Medical University of Gdansk, University of Gdansk, Gdansk, Poland) ,  Waleron Krzysztof (Department of Pharmaceutical Microbiology, Faculty of Pharmacy Medical University of Gdansk, Gdansk, Poland) ,  Daroch Maurycy (School of Environment and Energy, Peking University Shenzhen Graduate School, Shenzhen, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 13  ページ： 765105  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 熱環境は,重要な生態学的およびバイオテクノロジー的ポテンシャルを有する熱菌の重要な貯留層である。しかし,好熱性分離株は,それらの生息場所からほとんど回復されず,ほとんど系統的に同定されていない。本研究では,中国,Ganzi県のLotus湖温泉から回収した好熱性株,PKUAC-SCTAE412(E412)の多相法を用いて特性化した。16S rRNA/16S-23S ITS系統発生,二次構造,および形態比較の結果は,E412株がLeptolyngbyaceae内の新規属を表すことを強く支持した。この描写はゲノムに基づく分析[系統発生推論,平均ヌクレオチド/アミノ酸同一性,保存蛋白質(POCP)]の割合によりさらに確認された。植物コードに基づき,この分離株を,最近描写されたKovacikiaおよびStenomitosに隣接する属であるLeptothermofonsia sichuanensis gen.sp.novとして記載した。さらに,この新属の最初の完全なゲノムを得た。ゲノム分析は,有害な温泉環境および移動性遺伝要素,光合成および窒素代謝に関連する広範な分子成分への適応を明らかにした。さらに,この菌株は,波長と光周期に依存して,その集光装置の組成を修正でき,T1とT2色素沈着型に特徴的な色順応能力を示す。他の生理学的研究は,重炭酸ナトリウムと種々の硫黄化合物を利用する菌株の能力を示した。菌株もジアゾ栄養であることが示された。興味深いことに,E412ゲノムにおける注釈付き蛋白質コード遺伝子の24.6%が推定的に獲得され,HGTを通して獲得された多数の遺伝子がそれらの好熱性株のゲノム拡大と生息場所適応に寄与する可能性があると同定された。ほとんどのHGT候補(69.4%)は,KEGG分析によって示唆された代謝機能として分類された。全体として,菌株E412の完全なゲノムは,Leptothermofonsia属のゲノム特徴への最初の洞察を提供し,将来の地球生態ゲノム学と地球ゲノム研究の基礎を築く。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 地球 ,  rRNA ,  遺伝子 ,  光合成 ,  タンパク質 ,  *藍藻類 ,  温泉 ,  系統発生 ,  生態 ,  *ゲノム ,  二次構造 ,  生態学 ,  生息場所 ,  ミヤコグサ属
準シソーラス用語： 新属 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 16S rRNA ,  16S-23S ITS ,  ゲノミクス ,  好熱性シアノバクテリア ,  Leptolyngbyaceae ,  Kovacikia ,  Stenomitos

分類 (1件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

引用文献 (78件)：

• Aichi M., Omata T. (1997). Involvement of NtcB, a LysR family transcription factor, in nitrite activation of the nitrate assimilation operon in the cyanobacterium synechococcus sp. strain PCC 7942. J. Bacteriol. 179 4671-4675. doi: 10.1128/jb.179.15.4671-4675.1997
• Alcorta J., Alarcón-Schumacher T., Salgado O., Díez B. (2020). Taxonomic novelty and distinctive genomic features of hot spring cyanobacteria. Front. Genet. 11:568223. doi: 10.3389/fgene.2020.568223
• Aramaki T., Blanc-Mathieu R., Endo H., Ohkubo K., Kanehisa M., Goto S., et al (2019). KofamKOALA: KEGG ortholog assignment based on profile HMM and adaptive score threshold. Bioinformatics 36 2251-2252. doi: 10.1093/bioinformatics/btz859
• Becerra-Absaln I., Johansen J. R., Muoz-Martn M. A., Montejano G. (2018). Chroakolemma gen. nov. (Leptolyngbyaceae, cyanobacteria) from soil biocrusts in the semi-desert central region of Mexico. Phytotaxa 367 201-218. doi: 10.1093/bioinformatics/btz859
• Bennett A., Bogorad L. (1973). Complementary chromatic adaptation in a filamentous blue-green alga. J. Cell Biol. 58 419-435. doi: 10.1083/jcb.58.2.419

タイトルに関連する用語 (5件)： 好熱性 ,  シアノバクテリア ,  相同定 ,  ゲノム ,  洞察