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J-GLOBAL ID：202202266045064777   整理番号：22A1176599

因果的推論により同定されたIBDサブタイプ調節因子IFNGおよびGBP5はUCにおいてより強力な自然免疫およびCDの炎症応答を促進する【JST・京大機械翻訳】

IBD Subtype-Regulators IFNG and GBP5 Identified by Causal Inference Drive More Intense Innate Immunity and Inflammatory Responses in CD Than Those in UC

著者 (15件)： Gao Sheng (1Department of Bioinformatics, Putuo People’s Hospital, Tongji University, Shanghai, China) ,  Li Yichen (2Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases, Department of Colorectal Surgery, The Sixth Affiliated Hospital, Guangdong Institute of Gastroenterology, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Wu Dingfeng (3National Clinical Research Center for Child Health, The Children’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Jiao Na (3National Clinical Research Center for Child Health, The Children’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Yang Li (4State Key Laboratory of Biotherapy, West China Hospital, Sichuan University and Collaborative Innovation Center, Chengdu, China) ,  Zhao Rui (1Department of Bioinformatics, Putuo People’s Hospital, Tongji University, Shanghai, China) ,  Xu Zhifeng (1Department of Bioinformatics, Putuo People’s Hospital, Tongji University, Shanghai, China) ,  Chen Wanning (1Department of Bioinformatics, Putuo People’s Hospital, Tongji University, Shanghai, China) ,  Lin Xutao (2Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases, Department of Colorectal Surgery, The Sixth Affiliated Hospital, Guangdong Institute of Gastroenterology, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Cheng Sijing (2Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases, Department of Colorectal Surgery, The Sixth Affiliated Hospital, Guangdong Institute of Gastroenterology, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Cheng Sijing (5School of Medicine, Sun Yat-sen University, Shenzhen, China) ,  Zhu Lixin (2Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases, Department of Colorectal Surgery, The Sixth Affiliated Hospital, Guangdong Institute of Gastroenterology, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Lan Ping (2Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases, Department of Colorectal Surgery, The Sixth Affiliated Hospital, Guangdong Institute of Gastroenterology, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Lan Ping (5School of Medicine, Sun Yat-sen University, Shenzhen, China) ,  Zhu Ruixin (1Department of Bioinformatics, Putuo People’s Hospital, Tongji University, Shanghai, China)
資料名： Frontiers in Pharmacology (Web)  (Frontiers in Pharmacology (Web))
巻： 13  ページ： 869200  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7091A  ISSN： 1663-9812  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:Crohn病(CD)と潰瘍性大腸炎(UC)との病理学的差異は,かなりかつ説明されていない。ここでは,トランスクリプトームデータの因果推論分析により,CDとUCの異なる病因を駆動する可能性のあるレギュレーターを同定することを目的とした。【方法】Kruskal-WallisとDunnettの試験を実施して,CD患者,UC患者,および対照の間の差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。続いて,CDとUCの間の差次的発現経路(DEPs)を同定し,DEPsの相互作用ネットワークを構築するために使用した。Causal推論を行い,IBDサブタイプ-レギュレータを同定した。サブタイプレギュレータとそれらの下流遺伝子の発現を,独立したコホートでqRT-PCRによって確証した。【結果】対照群と比較して,著者らは,CDおよびUC群において,それぞれ1,352および2,081DEGを同定した。CDとUC間の多重DEPはNOD様受容体シグナル伝達,IL-17シグナル伝達,ケモカインシグナル伝達経路のような炎症関連経路に密接に関連していた。DEPの先験的相互作用ネットワークに基づいて,因果推論解析は,IBDサブタイプレギュレータとしてIFNGとGBP5を同定した。発見コホートによる結果は,IFNG,GBP5,およびNLRP3の発現レベルがUC群よりCD群で有意に高いことを示した。IFNG,GBP5およびNLRP3間の調節関係を,独立したコホートからのトランスクリプトームデータで確認し,qRT-PCRにより検証した。結論:著者らの研究は,IFNGとGBP5が,UCにおけるそれらよりCDにおいてより強力な先天性免疫と炎症反応を誘発するIBDサブタイプレギュレータであることを示唆する。著者らの知見は,CDとUCの個別化治療に寄与するかもしれないCDとUCの間の病態生理学的差異を明らかにする。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  ネットワーク ,  遺伝子 ,  *炎症 ,  母集団 ,  Crohn病 ,  細胞情報伝達 ,  ケモカイン ,  病因 ,  トランスクリプトーム ,  *自然免疫 ,  個別化医療
準シソーラス用語： インターロイキン17 ,  *炎症反応 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 炎症性腸疾患 ,  クローン病 ,  潰瘍性大腸炎 ,  因果推論 ,  IBDサブタイプ調節因子

分類 (3件)： 消化器の疾患  (GH03000W) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (49件)：

• AtreyaR., NeurathM. F. (2005). Involvement of IL-6 in the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Disease and colon Cancer. Clin. Rev. Allergy Immunol. 28 (3), 187-196. doi: 10.1385/CRIAI:28:3:187
• BanksC., BatemanA., PayneR., JohnsonP., SheronN. (2003). Chemokine Expression in IBD. Mucosal Chemokine Expression Is Unselectively Increased in Both Ulcerative Colitis and Crohn's Disease. J. Pathol. 199 (1), 28-35. doi: 10.1002/path.1245
• BergantzL., SubraF., DeprezE., DelelisO., RichettaC. (2019). Interplay between Intrinsic and Innate Immunity during HIV Infection. Cells 8 (8). doi: 10.3390/cells8080922
• BernsteinC. N., EliakimA., FedailS., FriedM., GearryR., GohK. L., et al (2016). World Gastroenterology Organisation Global Guidelines Inflammatory Bowel Disease: Update August 2015. J. Clin. Gastroenterol. 50 (10), 803-818. doi: 10.1097/MCG.0000000000000660
• Britzen-LaurentN., HerrmannC., NaschbergerE., CronerR. S., StürzlM. (2016). Pathophysiological Role of Guanylate-Binding Proteins in Gastrointestinal Diseases. World J. Gastroenterol. 22 (28), 6434-6443. doi: 10.3748/wjg.v22.i28.6434

タイトルに関連する用語 (10件)： 推論 ,  同定 ,  IBD ,  サブタイプ ,  調節因子 ,  UC ,  自然免疫 ,  Cd ,  炎症応答 ,  促進