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J-GLOBAL ID：202202266457122675   整理番号：22A0223315

Vibrio clade 3.0:ゲノムベースアプローチを用いた新規Vibrionaceae進化単位【JST・京大機械翻訳】

Vibrio Clade 3.0: New Vibrionaceae Evolutionary Units Using Genome-Based Approach

著者 (8件)： Jiang Chunqi (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan) ,  Tanaka Mami (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan) ,  Nishikawa Sayo (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan) ,  Mino Sayaka (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan) ,  Romalde Jesus L. (Departamento de Microbiologia y Parasitologia, CRETUS & CIBUS-Facultad de Biologia, Universidade de Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, Espana) ,  Thompson Fabiano L. (Institute of Biology and SAGE-COPPE, Federal University of Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil) ,  Gomez-Gil Bruno (CIAD, AC, Mazatlan Unit for Aquaculture and Environmental Management, Mazatlan, Mexico) ,  Sawabe Tomoo (Laboratory of Microbiology, Faculty of Fisheries Sciences, Hokkaido University, Hakodate, Japan)
資料名： Current Microbiology  (Current Microbiology)
巻： 79  号： 1  ページ： 10  発行年： 2022年 
JST資料番号： H0506A  ISSN： 0343-8651  CODEN： CUMIDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 現在,イータ栽培分類群を含む科ビブリオ科の190種以上が記述され,9種以上に分類され,その中で種数は以前のビブリオ進化更新(Vibrio Clade 2.0)(Sawabe et al.2014)と比較して2倍になった。本研究では,22の新たに決定されたゲノムを含むゲノム配列から検索された8つのハウスキーピング遺伝子(8-HKG)のヌクレオチド配列に基づいて,分子系統発生解析の2番目の更新である「Vibrio Clade 3.0」を実施した。合計51の別個のクレードが観察され,21のクレードが新たに記述された。さらに,コアゲノム配列から検索した34の単一コピー遺伝子および11リボソーム蛋白質遺伝子(11-RPG)のヌクレオチド配列に基づくクレード分類の描写力を評価した。しかし,8-HKGの描写力はまだ高く,遺伝子セットはVibrionaceaeの分類と同定に確実に使用できる。さらに,11-RPGセットは,メタゲノム集合ゲノム(MAG)および/または単一細胞ゲノム集合ゲノム(SAG)プール間の非培養種の同定に有用であることを証明した。本研究は,ファミリーVibrionaceaeの多様性と進化の歴史の認識を拡大し,MAGsとSAGs間の非接種分類群として分類における分類学的応用を加速する。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  栽培 ,  *Vibrio ,  *Vibrionaceae ,  リボソームタンパク質 ,  ハウスキーピング遺伝子
準シソーラス用語： 単一細胞 ,  ゲノム配列 ,  分類学 ,  クレード ,  分類群 ,  メタゲノム ,  分子系統発生 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： Vibrio ,  Vibrionaceae ,  進化