文献

J-GLOBAL ID：202202266637015388   整理番号：22A0216354

蛋白質構造におけるβターンを分類するための新規スキームの導入【JST・京大機械翻訳】

Introduction of a new scheme for classifying β-turns in protein structures

著者 (3件)： Zhang Ruojing (Department of Chemistry and Biochemistry, Miami University, Oxford, Ohio, USA) ,  Stahr Michael C. (Department of Computer Science and Software Engineering, Miami University, Oxford, Ohio, USA) ,  Kennedy Michael A. (Department of Chemistry and Biochemistry, Miami University, Oxford, Ohio, USA)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 90  号： 1  ページ： 110-122  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質βターン分類は,構造生物学研究における進行中の発展の領域のままである。タイプI,タイプIIおよびタイプIVのβターンを定義する一般的に使用される命名は,1970年代および1980年代に導入され,βターンタイプ定義の精密化は,βターンタイプ数を18に拡大した(Spapovalov et al,PLOS Computat.Biol.,15,e1006844,2019)Dunbrack,Jrおよび共同研究者によって最近2019年に導入された。1074超解像(≦1.2Å)蛋白質構造からの13030回転の分析に基づいて,それらは蛋白質βターンの分類に用いる定義を拡張し,新しい命名システムを導入するために新しいクラスタリングアルゴリズムを使用した。著者らは最近,正準β-ターン領域に近いが,しかし,しばしば近いβターンから成る,著者らの研究室で決定されたペンタペプチド反復蛋白質(PRP)の結晶構造におけるβターンを分類するとき,特異的問題に直面した。この問題に取り組むために,Klyne-Prelog立体化学命名とRamachandranプロットとの定義を併合する新しいスキームを考案した。得られたKlyne-Prelog修飾Ramachandranプロットスキームは,i+1とi+2骨格二面角の立体化学を示す命名で,全ての可能な蛋白質βターン空間をカバーする1296の異なる潜在的βターン分類を定義した。新しい分類スキームの有用性を,PRPスーパーファミリーにおける全ての既知蛋白質構造におけるβターンの再分類により説明し,さらに522776βターンを同定し,分類する16657高分解能蛋白質構造(≦1.5Å)のデータベースを用いて評価した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 結晶構造 ,  データベース ,  立体化学 ,  *タンパク質 ,  超解像 ,  精密化 ,  高分解能 ,  二面角
準シソーラス用語： *βターン ,  構造生物学 ,  ペンタペプチド ,  クラスタリングアルゴリズム ,  *蛋白質構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 蛋白質構造 ,  タイトターン ,  II型βターン ,  βターン ,  βベンド ,  ヘアピンターン ,  ヘアピンベンド

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質構造 ,  βターン ,  分類 ,  スキーム