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J-GLOBAL ID：202202267616760709   整理番号：22A1025156

穀類ESTB:Major穀類作物における予測遺伝子,遺伝子オントロジーおよび代謝経路を有する非生物的ストレス応答アノテーションESTのための包括的資源【JST・京大機械翻訳】

CerealESTDb: A Comprehensive Resource for Abiotic Stress-Responsive Annotated ESTs With Predicted Genes, Gene Ontology, and Metabolic Pathways in Major Cereal Crops

著者 (10件)： Kumar Sanjeev (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Bhati Jyotika (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Saha Arijit (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Lal Shashi Bhushan (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Pandey Pankaj Kumar (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Mishra Dwijesh Chandra (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Farooqi Mohammad Samir (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Kumar Anuj (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Chaturvedi Krishna Kumar (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India) ,  Rai Anil (Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, PUSA, New Delhi, India)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 842868  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 穀類は最も重要な食品作物であり,地球規模の食料安全保障の鍵となる寄与者と考えられている。穀類作物における非生物的ストレスによる損失は,重要な方法で潜在的生産性を制限する。非生物的ストレスの主な理由は,急激な温度,変動降雨,および土壌の栄養状態の減少である。品種発達は,複数の非生物的ストレスの影響下で生産性を維持するための鍵であり,ゲノミクスと分子育種との関連で研究する必要がある。最近,次世代シークエンシング(NGS)に基づく方法の進歩は,マイクロアレイ,RNAeq,発現配列タグ(ESTs)などのストレス誘導転写物に関連する巨大なゲノムデータ生成を加速してきた。マイクロアレイとRNA-seqに基づく転写産物に関連する多くのデータベースが開発され,利用されてきた。しかし,EST技術から生じる様々な穀類作物における非生物的ストレスに関連する豊富な転写産物は利用可能であるが,まだ統合データベースの不在で未利用のままである。本研究では,主要な穀類における非生物的ストレスに応答するESTsの利用可能な資源を統合し,分析し,特性化するための一次目標で試みを行った。開発したCerealESTdbは,容易なアクセスと潜在的使用のための探索可能なコンテンツの形で,2つの異なる方法でカスタマイズ可能な探索を示す。このデータベースは,4つの主要な穀類作物,すなわち,イネ(Oryza sativa L.),コムギ(Triticum aestivum L.),モロコシ(Sorghum bicolor L.),およびトウモロコシ(Zea mays L.)からのESTsを,一連の非生物的ストレスの下で構成する。この凝集データベースの現在の統計は,55,826集合EST配列,51,791予測遺伝子モデル,および1,746関連代謝経路に関する広範な情報を含む254,609遺伝子オントロジー用語から成る。開発したCerealESTdbは,非生物的ストレス下の複雑な生物学的現象の知識を解読するのに役立ち,非生物ストレスに対する作物品種耐性の開発に向けた分子育種プログラムを加速することが期待される。CerealESTdbはURLで公開されている。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  トウモロコシ ,  *農作物 ,  *遺伝子 ,  コムギ ,  *ストレス ,  イネ ,  *代謝経路 ,  品種 ,  モロコシ ,  遺伝学 ,  *アノテーション ,  *オントロジー
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  *非生物的ストレス ,  マイクロアレイ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 穀類 ,  非生物的ストレス ,  エスト ,  遺伝子 ,  経路 ,  オントロジー

分類 (3件)： 作物栽培一般  (FC03010R) ,  作物の品種改良  (FC02030G) ,  豆類  (FC03035U)

引用文献 (50件)：

• AlterS., BaderK. C., SpannaglM., WangY., BauerE., SchönC.-C., et al (2015). DroughtDB: an Expert-Curated Compilation of Plant Drought Stress Genes and Their Homologs in Nine Species. Database 2015. doi: 10.1093/database/bav046
• AltschulS. F., GishW., MillerW., MyersE. W., LipmanD. J. (1990). Basic Local Alignment Search Tool. J. Mol. Biol. 215 (3), 403-410. doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2
• ApweilerR., BairochA., WuC. H., BarkerW. C., BoeckmannB., FerroS., et al (2004). UniProt: the Universal Protein Knowledgebase. Nucleic Acids Res. 32 (Suppl. l_1), 115D-119D. doi: 10.1093/nar/gkh131
• Askari-KhorasganiO., RehmaniM. I. A., WaniS. H., KumarA. (2021). Osmotic Stress. In Handbook of Plant and Crop Physiology, 4. New York: CRC Press, 445-464. doi: 10.1201/9781003093640
• AtkinsonN. J., LilleyC. J., UrwinP. E. (2013). Identification of Genes Involved in the Response of Arabidopsis to Simultaneous Biotic and Abiotic Stresses. Plant Physiol. 162 (4), 2028-2041. doi: 10.1104/pp.113.222372

タイトルに関連する用語 (11件)： 穀類 ,  作物 ,  予測 ,  遺伝子 ,  遺伝子オントロジー ,  代謝経路 ,  非生物的ストレス ,  応答 ,  アノテーション ,  EST ,  資源