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J-GLOBAL ID：202202267787054954   整理番号：22A0799811

UALCAN:統合癌データ解析プラットフォームの更新【JST・京大機械翻訳】

UALCAN: An update to the integrated cancer data analysis platform

著者 (18件)： Chandrashekar Darshan Shimoga (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Karthikeyan Santhosh Kumar (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Korla Praveen Kumar (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Patel Henalben (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Shovon Ahmedur Rahman (Department of Computer science, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Athar Mohammad (O’Neal Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Athar Mohammad (Department of Dermatology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Netto George J. (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Netto George J. (O’Neal Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Qin Zhaohui S. (Department of Biostatistics and Bioinformatics, Emory University, Atlanta, GA 30322, USA) ,  Kumar Sidharth (Department of Computer science, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Manne Upender (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Manne Upender (O’Neal Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Crieghton Chad J. (Department of Medicine and Dan L. Duncan Comprehensive Cancer Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA) ,  Varambally Sooryanarayana (Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Varambally Sooryanarayana (O’Neal Comprehensive Cancer Center, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Varambally Sooryanarayana (Informatics Institute, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, AL, USA) ,  Varambally Sooryanarayana (Michigan Center for Translational Pathology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA)
資料名： Neoplasia  (Neoplasia)
巻： 25  ページ： 18-27  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3158A  ISSN： 1476-5586  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌ゲノム,トランスクリプトミクスおよびプロテオミクスプロファイリングは,その分析と普及のためのツールの開発を必要とする広範なデータを生み出した。UALCANを開発し,これらのデータを容易に探索し,分析し,可視化するためのポータルを提供し,ユーザーが癌で混乱した遺伝子,蛋白質,および経路をよりよく理解し,発見を行うためのデータを統合できるようにした。UALCANウェブポータルは,癌研究コミュニティに対する癌トランスクリプトーム,プロテオミクス,および患者生存データを分析し,送達することを可能にする。癌ゲノムアトラス(TCGA)プロジェクトから得たデータで,UALCANは,33種類の癌で蛋白質コード遺伝子発現と患者生存に対するその影響を評価することを可能にした。ウエブポータルは,その放出以来,広く使用されており,100か国以上の癌研究者からのその使用により強調されている。本原稿は,2017年にその放出以来,UALCANに著者らが実施した課題を浮き彫りにした。広範なユーザフィードバックは,a)マイクロRNA(miRNAs),長い非コードRNA(lncRNAs),およびTCGAからのプロモーターDNAメチル化,および臨床プロテオミクス腫瘍分析コンソーシアム(CPTAC)からのb)質量分析に基づくプロテオミクスのデータを用いて,資源を拡張することを動機づけた。UALCANは,事前計算,腫瘍サブグループに基づく遺伝子/蛋白質発現,プロモーターDNAメチル化状態,およびKaplan-Meier生存分析への容易なアクセスを提供する。それはまた,試験のための仮説生成における観察と支援を理解し統合するための新しい可視化特徴を提供する。UALCANはhttp://ualcan.path.uab.eduでアクセス可能である。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： メチル化 ,  腫瘍 ,  タンパク質 ,  可視化 ,  プロモーター領域 ,  遺伝子発現 ,  *プロテオミクス ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  非翻訳RNA ,  DNAメチル化 ,  トランスクリプトーム解析 ,  ポータルサイト ,  コンソーシアム ,  蛋白質発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： ULCAAN ,  癌遺伝子発現 ,  生物情報学 ,  トランスクリプトーム ,  患者の生存 ,  lncRNA ,  プロテオミクス ,  相関 ,  差次的発現

分類 (2件)： 基礎腫よう学一般  (GE02010R) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： 統合 ,  癌 ,  データ解析 ,  プラットフォーム ,  更新