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J-GLOBAL ID：202202267789822941   整理番号：22A1029299

閉塞性睡眠時無呼吸に対する低酸素関連遺伝子バイオマーカーの発見,検証および機能【JST・京大機械翻訳】

The Discovery, Validation, and Function of Hypoxia-Related Gene Biomarkers for Obstructive Sleep Apnea

著者 (7件)： Wu Xiaofeng (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China) ,  Pan Zhou (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China) ,  Liu Wei (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China) ,  Zha Shiqian (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China) ,  Song Yan (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China) ,  Zhang Qingfeng (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China) ,  Hu Ke (Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Renmin Hospital of Wuhan University, Wuhan, China)
資料名： Frontiers in Medicine (Web)  (Frontiers in Medicine (Web))
巻： 9  ページ： 813459  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7079A  ISSN： 2296-858X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 低酸素が閉塞性睡眠時無呼吸(OSA)の病理生物学に決定的に寄与する証拠が存在するが,OSAにおける低酸素またはその代用物を測定する診断値は不明なままである。ここでは,低酸素関連遺伝子の診断値を検討し,OSAにおける作用機構を検討した。OSAおよび対照被験者からの発現データを,遺伝子発現Omnibusデータベースからダウンロードした。OSAと対照被験者の間の差次的発現遺伝子(DEG)を,limma Rパッケージを用いて同定し,それらの生物学的機能をクラスタProfiler Rパッケージを用いて調べた。OSAにおける低酸素関連DEGは,低酸素関連遺伝子とDEGを重複することによって得られた。OSAにおける低酸素関連DEGの診断値を,受信者動作特性(ROC)分析により評価した。ランダムフォレスト(RF)とラッソマシン学習アルゴリズムを用いて,OSAを制御から区別する診断モデルを構築した。遺伝子セット濃縮分析(GSEA)を行い,OSAにおける主要低酸素関連遺伝子に関連する経路を調べた。低酸素,転写調節および炎症と関係した63の遺伝子を,OSAと対照試料の間で差次的に発現した。既知の低酸素関連遺伝子との交差により,OSAに関連する17の低酸素関連DEGを同定した。蛋白質-蛋白質相互作用ネットワーク分析は,16の低酸素関連遺伝子が相互作用し,それらの診断値をさらに調査したことを示した。16の低酸素関連遺伝子は,AUC>0.7でOSAを正確に予測した。AREG,ATF3,ZFP36,およびDUSP1を用いて構築したラッソモデルは,多重計量により評価されたRFモデルと比較して,OSAおよび対照試料の分類において,より良い性能および精度を有した。さらに,GSEAはAREG,ATF3,ZFP36およびDUSP1が炎症を介してOSAを調節し,OSA関連癌リスクに寄与することを明らかにした。ここでは,低酸素関連遺伝子に基づくOSAに対する信頼できる診断モデルを構築した。さらに,これらの転写変化はOSAの病因,病因および後遺症に寄与する可能性がある。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *遺伝子 ,  炎症 ,  多重化 ,  *酸素欠乏 ,  クラスタ ,  遺伝子発現 ,  後遺症 ,  *バイオマーカー ,  病因 ,  学習アルゴリズム
準シソーラス用語： 被験者 ,  転写調節 ,  ランダムフォレスト ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 閉塞性睡眠時無呼吸 ,  低酸素 ,  機械学習 ,  診断 ,  ARG ,  ATF3 ,  ZFP36 ,  DUSP1

分類 (5件)： 呼吸器の疾患  (GI03000Z) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (55件)：

• Lyons MM, Bhatt NY, Pack AI, Magalang UJ. Global burden of sleep-disordered breathing and its implications. Respirology. (2020) 25:690-702. doi: 10.1111/resp.13838
• Léger D, Stepnowsky C. The economic and societal burden of excessive daytime sleepiness in patients with obstructive sleep apnea. Sleep Med Rev. (2020) 51:101275. doi: 10.1016/j.smrv.2020.101275
• Sarkissian L, Kitipornchai L, Cistulli P, Mackay SG. An update on the current management of adult obstructive sleep apnoea. Aust J Gen Pract. (2019) 48:182-6. doi: 10.31128/AJGP-10-18-4749
• Kapur VK, Auckley DH, Chowdhuri S, Kuhlmann DC, Mehra R, Ramar K, et al. Clinical practice guideline for diagnostic testing for adult obstructive sleep apnea: an American academy of sleep medicine clinical practice guideline. J Clin Sleep Med. (2017) 13:479-504. doi: 10.5664/jcsm.6506
• Gottlieb DJ, Punjabi NM. Diagnosis and management of obstructive sleep apnea: a review. JAMA. (2020) 323:1389-400. doi: 10.1001/jama.2020.3514

タイトルに関連する用語 (6件)： 閉塞性睡眠時無呼吸 ,  低酸素 ,  遺伝子 ,  バイオマーカー ,  発見 ,  検証