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J-GLOBAL ID：202202268859882476   整理番号：22A0578950

海洋紅藻Kappaphycus alvareziiから分離した細菌の16SリボソームDNA配列のデータセット【JST・京大機械翻訳】

Dataset of 16S ribosomal DNA sequences of bacteria isolated from marine red algae Kappaphycus alvarezii

著者 (4件)： Rupert Rennielyn (Biotechnology Research Institute, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia) ,  Rodrigues Kenneth Francis (Biotechnology Research Institute, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia) ,  Chong Harry Lye Hin (Faculty of Science and Natural Resources, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia) ,  Yong Wilson Thau Lym (Biotechnology Research Institute, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia)
資料名： Data in Brief  (Data in Brief)
巻： 40  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3049A  ISSN： 2352-3409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本論文に提供したデータは,収集後に直接分離された紅藻類(Kappaphycus alvarezii)の表面に存在する細菌群集プロファイルと閉鎖循環システムにおける30日間の培養後に存在する。Kappaphycus alvareziiの外植片を,制御された培養条件に適応できる細菌を決定するために,30日間制御された成長条件下で実験室設定で栽培した。細菌16S rDNAアンプリコンの増幅と配列決定を,実生に関連した細菌分離株で実施した。16S rDNA遺伝子配列を分析し,トリミングし,DNA塩基配列Assembler(V5)ソフトウェアを用いてコンティグに集合させた。オンラインBLAST(ブラスト)アルゴリズムを用いて組み立てられた配列に対する分類学的同定を達成し,MEGA7ソフトウェアを用いて系統樹の構築を行った。データは,1日目と30日目の間の微生物変動の明確なセットを明らかにした。系統樹は,K.alvareziiの表面上に4つの主要なクラスタ,Vibrio,Pseudoalteromonas,Alteromonas,およびBacterioplanes常在を示した。これら2つの細菌群間の比較は,閉鎖循環システムにおける長期培養に適応する持続性海洋細菌の証拠を提供する。生データファイルは,MZ57060からMZ570580の受入番号の下で,GenBank,NCBIデータベースで利用可能である。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  データベース ,  *細菌 ,  遺伝子 ,  *ヌクレオチド配列 ,  系統樹 ,  *海洋 ,  *紅藻類 ,  クラスタ ,  培養条件 ,  Vibrio ,  ソフトウェア ,  クローン
準シソーラス用語： GenBank ,  アンプリコン ,  *DNA配列 ,  コンティグ ,  遺伝子配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 16S rDNA遺伝子配列決定 ,  細菌コミュニティ ,  紅藻 ,  Kappaphycus alvarezii ,  持続性細菌

分類 (1件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 海洋 ,  紅藻 ,  Kappaphycus ,  細菌 ,  リボソームDNA ,  データセット