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J-GLOBAL ID：202202268963912898   整理番号：22A0297413

pr2プライマー:原生者のための18S rRNAプライマーデータベース【JST・京大機械翻訳】

pr2-primers: An 18S rRNA primer database for protists

著者 (9件)： Vaulot Daniel (UMR 7144, ECOMAP, Station Biologique de Roscoff, CNRS, Sorbonne Universite, Roscoff, France) ,  Vaulot Daniel (Asian School of the Environment, Nanyang Technological University, Singapore, Singapore) ,  Geisen Stefan (Department of Terrestrial Ecology, Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW), Wageningen, The Netherlands) ,  Geisen Stefan (Laboratory of Nematology, Wageningen University, Wageningen, The Netherlands) ,  Geisen Stefan (Nanjing Agricultural University, Nanjing, China) ,  Mahe Frederic (CIRAD, UMR PHIM, Montpellier, France) ,  Mahe Frederic (PHIM, CIRAD, INRAE, Institut Agro, Univ Montpellier, Montpellier, France) ,  Bass David (Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science, Weymouth, UK) ,  Bass David (Department of Life Sciences, The Natural History Museum, London, UK)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 1  ページ： 168-179  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物真核生物のメタバーコーディング(保護者として集団的に知られている)は,過去10年間,ほとんど18S rRNA遺伝子に頼っている。微生物真核生物は極めて多様であるので,多くのプライマーとプライマー対が開発されている。与えられた研究システムにおける原生コミュニティの適切で代表的な画分をカバーするために,プライマー対がすべての原生者を同様によく標的とすることができるので,インフォームドプライマー選択が必要である。このように,スマートプライマー選択は専門家にとっても非常に困難であり,既存のプライマーリストに利用可能なオンライン資源はほとんどない。真核生物18S rRNA遺伝子メタバーコーディングのために使用された285プライマーと83のユニークなプライマー対をリストアップしたデータベースを構築した。プライマー対のin silico性能を2つの配列データベース:真核生物に対するPR2バージョン4.12.0および細菌および古細菌に対するシルババージョン132のサブセットに対して試験した。データベースのブラウジングを可能にするRベースWebアプリケーション,ミスマッチ数による増幅配列の分類分布の可視化,およびユーザ定義プライマーまたはプライマーセット(https://app.pr2-primers.org)の試験を開発した。プライマー対,アンプリコンサイズ及びミスマッチの位置の分類特異性も決定できた。配列の最大数に整合する普遍的なプライマーセットを同定し,あるグループを標的とするように設計したいくつかのプライマーセットの特異性を分析した。このツールは,研究の一部として原生者を含む広範囲の研究者を助けるガイドプライマー選択を可能にする。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 符号化 ,  *データベース ,  微生物 ,  細菌 ,  *rRNA ,  可視化 ,  ブラウジング ,  真核生物 ,  古細菌 ,  *プライマー【遺伝】
準シソーラス用語： *18S rRNA ,  アンプリコン ,  in silico ,  Webアプリケーション ,  オンライン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 18S rRNA ,  データベース ,  メタブリコーディング ,  PCR ,  プライマー ,  原生 ,  R ,  けい

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  微生物の生態  (EG03040J)

タイトルに関連する用語 (3件)： プライマー ,  rRNA ,  データベース