大腸菌における三体相関を用いたロバストな機能モジュールの同定【JST・京大機械翻訳】

Chen Tianlong; Chen Tianlong; Singh Pramesh; Singh Pramesh; Bassler Kevin E; Bassler Kevin E; Bassler Kevin E

文献

J-GLOBAL ID：202202268982814280 整理番号：22A0958591

大腸菌における三体相関を用いたロバストな機能モジュールの同定【JST・京大機械翻訳】

Identifying robust functional modules using three-body correlations in Escherichia coli

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資料名：
巻： 3 号： 1 ページ： 015013 (14pp) 発行年： 2022年
JST資料番号： W6462A ISSN： 2632-072X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

遺伝子調節ネットワークの根底にある構造を理解することは,遺伝子の遺伝子またはグループの生物学的機能を理解するために重要である。一般的な戦略は,これらのネットワークのコミュニティ構造を見つけることである。しかし,これらのコミュニティを見つける方法は,しばしば,遺伝子発現データのノイズとコミュニティ検出アルゴリズムの固有の確率に敏感である。ここでは,発現データから遺伝子共発現ネットワークにおける官能基とそれらの階層的組織化を同定するためのアプローチを紹介した。遺伝子の発現プロファイルにおける関連性を記述するネットワークを,情報理論的アプローチを用いて最初に推論した。推定ネットワーク内のコミュニティ構造をモジュール化最大化を用いて見出した。重要な機能的遺伝子コミュニティをロバストに同定するために,3体構造相関を用いてこの群集構造をさらに精密化した。このアプローチをE.coli遺伝子の発現データに適用し,25のロバストグループを同定し,その多くは遺伝子オントロジー用語濃縮分析によって実証された重要な生物学的機能と重要な関連を示した。したがって,著者らのアプローチは,これらの遺伝子の機能について特異的で新規な予測を行う。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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