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J-GLOBAL ID：202202269824741478   整理番号：22A0918457

網膜神経節細胞損傷後のmRNA,lncRNAおよび転写因子調節ネットワークの構築と解析【JST・京大機械翻訳】

Construction and analysis of mRNA, lncRNA, and transcription factor regulatory networks after retinal ganglion cell injury

著者 (5件)： Yang Ning (Department of Ophthalmology, Renmin Hospital of Wuhan University, #238 Jiefang Road, Wuhan, 430060, China) ,  Yang Juan (Department of Ophthalmology, Renmin Hospital of Wuhan University, #238 Jiefang Road, Wuhan, 430060, China) ,  He Xuejun (Department of Ophthalmology, Renmin Hospital of Wuhan University, #238 Jiefang Road, Wuhan, 430060, China) ,  Zhang Wenxi (Department of Ophthalmology, Renmin Hospital of Wuhan University, #238 Jiefang Road, Wuhan, 430060, China) ,  Xing Yiqiao (Department of Ophthalmology, Renmin Hospital of Wuhan University, #238 Jiefang Road, Wuhan, 430060, China)
資料名： Experimental Eye Research  (Experimental Eye Research)
巻： 215  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： E0658B  ISSN： 0014-4835  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 網膜神経節細胞(RGC)損傷は,いくつかの視神経変性疾患の重要な病理学的特徴である。RGC損傷の根底にある調節機構は,あまり理解されていない。最近のエビデンスは変性神経障害における長い非コードRNA(lncRNA)の重要な役割を強調してきたが,RGC損傷と関連するlncRNAに焦点を当てた研究は少ない。本研究では,RGC損傷,それらの潜在的調節機能,およびlncRNAと転写因子(TF)の調節の根底にある分子機構に関連する調節不全lncRNAを分析した。著者らは,RGC損傷に関連するGSE142881データセットにおけるlncRNAとmRNAプロファイルを分析し,883のDE mRNAと312のDE lncRNAの間で18の差次的発現(DE)TFを有する1049の差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。予測したDE lncRNAとDE mRNAを用いてlncRNA-mRNA共発現ネットワークを構築した。機能的濃縮分析を行い,lncRNAとmRNAの機能を調べた。DE lncRNAとDE mRNA間の共発現ネットワークは炎症と免疫関連経路で高度に濃縮され,それらがRGC損傷の過程において役割を果たすことを示した。DE mRNAの中で,RGC損傷と関連する転写因子3(ATF3)を含む18のDE TFをスクリーニングした。共発現分析は,13lncRNAがATF3の潜在的結合標的であると予測した。これらの13lncRNAの潜在的標的のスクリーニングは,それらが炎症とアポトーシスに関連する機能的経路でも有意に濃縮されることを示した。分析後,RGC損傷後のmRNA-ATF3-lncRNA調節ネットワークを構築した。要約すると,視神経損傷後の免疫および炎症反応に関連する遺伝子モジュールを同定し,lncRNA-TF-mRNAの調節ネットワークを構築した。結果は,TFに結合することによってlncRNAがRGC損傷の間,下流遺伝子と機能を調節することができることを示す。結果は,RGC損傷の機構の更なる研究のための基礎を提供し,外傷性視神経障害および緑内障のような神経変性疾患の臨床診断および研究方向への洞察を提供する。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ネットワーク ,  *ニューロン ,  *mRNA ,  遺伝子 ,  炎症 ,  外傷 ,  神経系疾患 ,  緑内障 ,  遺伝子発現 ,  ニューロパチー ,  *転写因子 ,  アポトーシス
準シソーラス用語： *網膜神経節細胞 ,  神経変性疾患 ,  分子機構 ,  共発現 ,  *遺伝子調節ネットワーク ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 網膜神経節細胞 ,  長鎖非コードRNA ,  共発現ネットワーク解析 ,  転写因子3の活性化 ,  免疫炎症

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： 網膜神経節細胞 ,  損傷 ,  mRNA ,  lncRNA ,  転写因子 ,  調節ネットワーク ,  構築 ,  解析