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J-GLOBAL ID：202202270157200974   整理番号：22A0706457

Al化学移動法による種々の足場を有する配位子に対する相対的結合自由エネルギー計算【JST・京大機械翻訳】

Relative Binding Free Energy Calculations for Ligands with Diverse Scaffolds with the Alchemical Transfer Method

著者 (10件)： Azimi Solmaz (Department of Chemistry, Brooklyn College of the City University of New York, New York, United States) ,  Azimi Solmaz (Ph.D. Program in Biochemistry, The Graduate Center of the City University of New York, New York, United States) ,  Khuttan Sheenam (Department of Chemistry, Brooklyn College of the City University of New York, New York, United States) ,  Khuttan Sheenam (Ph.D. Program in Biochemistry, The Graduate Center of the City University of New York, New York, United States) ,  Wu Joe Z. (Department of Chemistry, Brooklyn College of the City University of New York, New York, United States) ,  Wu Joe Z. (Ph.D. Program in Chemistry, The Graduate Center of the City University of New York, New York, United States) ,  Pal Rajat K. (Roivant Sciences, Inc., Massachusetts, United States) ,  Gallicchio Emilio (Department of Chemistry, Brooklyn College of the City University of New York, New York, United States) ,  Gallicchio Emilio (Ph.D. Program in Chemistry, The Graduate Center of the City University of New York, New York, United States) ,  Gallicchio Emilio (Ph.D. Program in Biochemistry, The Graduate Center of the City University of New York, New York, United States)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 62  号： 2  ページ： 309-323  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 足場-ホッピング,アル化学変換と同様に,従来の分子錯体の相対的結合自由エネルギーの推定のための,アル化学移動法(ATM)の拡張を示した。Named ATM-RBFE,この方法を自由およびオープンソースOpenMM分子シミュレーションパッケージに実装し,現在利用可能なものに比べて,相対的結合自由エネルギーの計算に,より簡単でより一般的に適用可能な経路を提供することを目指した。ATM-RBFEは,音響統計力学理論と,1つがバルク溶媒から受容体結合部位へ移動するような配位子対の位置を交換するように設計された新しい座標摂動スキームに基づき,他方は反対方向に同時に移動する。計算は,静電および非静電変換の分割なしで,そして,ペアワイズソフトコアポテンシャルなしで,従来のセットアップツールで調製したシステムを有する単一溶媒ボックスにおいて直接行った。ATM-RBFEを,SAMPL8 GDCCホスト-ゲストベンチマークセットの絶対結合自由エネルギーおよびエストロゲン受容体ERαとメチルトランスフェラーゼEZH2の複合体を含む蛋白質-リガンドベンチマークセットに対して検証した。各事例において,この方法は,絶対結合自由エネルギーおよび参照文献値,ならびに実験測定と一致して,自己無撞着で収束した相対結合自由エネルギー推定をもたらした。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  統計力学 ,  *化学 ,  音響 ,  *アルミニウム ,  タンパク質 ,  複合体 ,  メチルトランスフェラーゼ ,  ホッピング伝導 ,  *エネルギー計算 ,  摂動 ,  *配位子 ,  エストロゲン受容体
準シソーラス用語： エストロゲン受容体α ,  受容体結合 ,  *結合自由エネルギー ,  *自由エネルギー計算 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (6件)： Al ,  化学 ,  足場 ,  配位子 ,  結合自由エネルギー ,  計算