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J-GLOBAL ID：202202270169900927   整理番号：22A0647947

薬物標的蛋白質の包括的スクリーニングのための深層学習と結合した析出物支持熱プロテオームプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Precipitate-Supported Thermal Proteome Profiling Coupled with Deep Learning for Comprehensive Screening of Drug Target Proteins

著者 (11件)： Ruan Chengfei (CAS Key Laboratory of Separation Science for Analytical Chemistry, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences (CAS), China) ,  Ruan Chengfei (University of Chinese Academy of Sciences, China) ,  Ning Wanshan (MOE Key Laboratory of Molecular Biophysics, Hubei Bioinformatics and Molecular Imaging Key Laboratory, Center for Artificial Intelligence Biology, College of Life Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology (HUST), Hubei, China) ,  Liu Zhen (CAS Key Laboratory of Separation Science for Analytical Chemistry, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences (CAS), China) ,  Zhang Xiaolei (CAS Key Laboratory of Separation Science for Analytical Chemistry, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences (CAS), China) ,  Fang Zheng (CAS Key Laboratory of Separation Science for Analytical Chemistry, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences (CAS), China) ,  Fang Zheng (University of Chinese Academy of Sciences, China) ,  Li Yanan (CAS Key Laboratory of Separation Science for Analytical Chemistry, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences (CAS), China) ,  Dang Yongjun (Center for Novel Target and Therapeutic Intervention, Institute of Life Sciences, Chongqing Medical University, China) ,  Xue Yu (MOE Key Laboratory of Molecular Biophysics, Hubei Bioinformatics and Molecular Imaging Key Laboratory, Center for Artificial Intelligence Biology, College of Life Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology (HUST), Hubei, China) ,  Ye Mingliang (CAS Key Laboratory of Separation Science for Analytical Chemistry, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences (CAS), China)
資料名： ACS Chemical Biology  (ACS Chemical Biology)
巻： 17  号： 1  ページ： 252-262  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5037A  ISSN： 1554-8937  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 熱プロテオームプロファイリング(TPP)は,薬物標的デコンボリューションのための一般的な修飾フリーアプローチとして作用するが,いくつかの重要な問題は,まだスクリーニング感度を制限する。優勢なTPPワークフローにおいて,可溶性画分のみが熱処理後に分析されるが,薬物誘導安定性シフトの豊富な情報を含む沈殿画分が廃棄される。データ処理に用いるS字状融解曲線フィッティング戦略は,複数の遷移を有するヒトプロテオームの一部に対する識別に悩まされる。本研究では,プロテオームレベルでの蛋白質-薬物相互作用の不偏および包括的分析のための沈殿担持TPP(PSTPP)アッセイを提示した。PSTPPにおいて,有意な沈殿が観察されるこれらの温度だけを蛋白質変性を誘発するために適用し,上清画分と沈殿画分の両方に含まれる相補的情報を用いてスクリーニング特異性と感度を改善した。さらに,深層学習に基づく新しい画像認識アルゴリズムを開発し,S字曲線フィッティング戦略に存在する問題を回避する標的蛋白質を認識した。PSTPPアッセイを,メトトレキサート,raltitrexed,およびSNS-032の既知の標的を良い性能で同定することによって検証した。プロミスクシブキナーゼ阻害剤,スタウロスポリンを用いて,K562細胞溶解物において83%までの特異性を有する99キナーゼ標的を描写し,これは既存の熱シフト法よりも有意な改善を示した。さらに,PSTPP戦略を適用してラパマイシンの結合標的を分析し,よく知られた標的であるFKBP1Aを同定し,いくつかの他の潜在的標的を明らかにした。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ターゲット ,  熱処理 ,  沈殿 ,  *タンパク質 ,  ヒト ,  *薬物 ,  曲線あてはめ ,  デコンボリューション ,  *スクリーニング ,  *プロテオーム ,  エーテル ,  大環状化合物 ,  ラクタム ,  ラクトン ,  ヘミアセタール ,  脂環式アルコール ,  第二アルコール ,  ヒドロキシケトン ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  窒素複素環化合物 ,  芳香族アミン ,  芳香族カルボン酸 ,  酵素阻害剤 ,  脂肪族カルボン酸 ,  カルボアミド ,  アミノカルボン酸 ,  第三アミン ,  酸素複素環化合物 ,  架橋化合物 ,  芳香族縮合化合物 ,  第二アミン
準シソーラス用語： *標的蛋白質 ,  キナーゼ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (3件)： ラパマイシン ,  メトトレキサート ,  スタウロスポリン

タイトルに関連する用語 (6件)： 薬物 ,  標的蛋白質 ,  スクリーニング ,  深層学習 ,  析出物 ,  支持