共有メモリプログラミングを用いた実装によるモジュール性ベースの並列蛋白質設計アルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

Pal Abantika; Mulumudy Rohith; Mitra Pralay

文献

J-GLOBAL ID：202202270214708684 整理番号：22A0702974

共有メモリプログラミングを用いた実装によるモジュール性ベースの並列蛋白質設計アルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

Modularity-based parallel protein design algorithm with an implementation using shared memory programming

出版者サイト複写サービスで全文入手 {{ this.onShowCLink("http://jdream3.com/copy/?sid=JGLOBAL&noSystem=1&documentNoArray=22A0702974&COPY=1") }}
高度な検索・分析はJDreamⅢで {{ this.onShowJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=22A0702974&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=T0761A") }}

著者 (3件)： , ,
資料名：
巻： 90 号： 3 ページ： 658-669 発行年： 2022年
JST資料番号： T0761A ISSN： 0887-3585 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

標的蛋白質構造を考えると,蛋白質設計の主目的は,与えられた3次元構造に対して折りたたみ/獲得するアミノ酸配列を見出すことである。蛋白質設計問題は,配列探索空間が蛋白質長とともに指数関数的に増加するので,非決定論的多項式-時間-ハードクラスに属する。より良い探索空間探索とより速い収束を確実にするために,著者らは蛋白質モジュール性ベースの並列蛋白質設計アルゴリズムを提案した。蛋白質構造のモジュール構造は,二次構造と蛋白質単位(PU)として定義されるドメインとの間の中間構造組織化を考慮することにより利用される。ここでは,蛋白質をPUに分割し,各PU領域を平行様式で探索する分割統治法を導入した。さらに,モジュラリティベースの並列シーケンス探索の共有メモリ実装が,従来のフル蛋白質設計の場合と比較して,より良い探索空間探索を導くことを,さらに解析した。設計シーケンスに関する配列ベースの解析は,ベンチマークデータセットに関して平均39.7%の配列類似性を示した。標的構造と設計蛋白質のモデル化構造の構造ベース比較は,1.17Åの平均二乗平均平方根偏差と0.89の平均テンプレートモデリングスコアを示した。設計蛋白質配列の選択モデル化構造を100ns分子動力学シミュレーションを用いて検証し,蛋白質の80%が各標的蛋白質に対してより良いまたは類似の安定性を示した。我々の研究は,著者らのモジュール性ベースの蛋白質設計アルゴリズムが蛋白質相互作用設計にも拡張可能であることを知っている。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , , ,
, , , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： , , , , ,

分子構造 , 分子・遺伝情報処理

, , , ,

前のページに戻る