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J-GLOBAL ID：202202271199815061   整理番号：22A0776171

細菌におけるゲノムワイド適合性定量化のためのCRISPRI-seq【JST・京大機械翻訳】

CRISPRi-seq for genome-wide fitness quantification in bacteria

著者 (5件)： de Bakker Vincent (Department of Fundamental Microbiology, Faculty of Biology and Medicine, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland) ,  Liu Xue (Department of Fundamental Microbiology, Faculty of Biology and Medicine, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland) ,  Liu Xue (Guangdong Key Laboratory for Genome Stability and Human Disease Prevention, Department of Pharmacology, International Cancer Center, Shenzhen University Health Science Center, Shenzhen, China) ,  Bravo Afonso M. (Department of Fundamental Microbiology, Faculty of Biology and Medicine, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland) ,  Veening Jan-Willem (Department of Fundamental Microbiology, Faculty of Biology and Medicine, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland)
資料名： Nature Protocols  (Nature Protocols)
巻： 17  号： 2  ページ： 252-281  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4781A  ISSN： 1754-2189  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CRISPR干渉(CRISPRi)は,必須および非必須遺伝子を特異的表現型に連結し,それらの機能を探索するための強力なツールである。ここでは,単一配列決定段階(CRISPRi-seq)におけるゲノムワイド遺伝子適応度を評価するためのCRISPRiスクリーニングのためのプロトコルについて述べた。重要なヒト病原体であるStreptococcus pneumoniaeにおけるプロトコルの使用を示した。しかし,このプロトコルは他の生物での使用に容易に適応できる。このプロトコルは,単一ガイドRNAライブラリー設計のためのパイプライン,プールされたCRISPRiライブラリー構築のためのワークフロー,成長アッセイおよび配列ステップ,読取分析ツール(2FAST2Q)および適応度定量化のための指示を含む。同様の,トランスポゾン変異誘発に基づく方法を使用するとき,問題となることができる小さなライブラリーによって,IPTG誘導システムを,扱いやすく,費用対効果が高く,ボトルネック問題を克服する方法について述べた。最後に,この方法は任意の成長条件に対して単一ガイドRNA標的当たりの適応度スコアをもたらした。ゲノムワイドスクリーニングは,構築したライブラリーで1週間完了できる。データ解析と追跡確認実験は,他の2~3週間で完了できる。細菌ゲノムワイド遺伝子適応度をCRISPRi-seqにより評価した。この手順には,単一ガイドRNAライブラリー設計のためのパイプライン,プールされたCRISPRiライブラリー構築のためのワークフロー,成長アッセイ,配列決定,および読取分析適合性の定量化が含まれる。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature Limited 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 干渉 ,  *細菌 ,  遺伝子 ,  ヒト ,  表現型 ,  *ゲノム ,  肺炎球菌 ,  病原体 ,  実証実験 ,  スクリーニング ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  ワークフロー
準シソーラス用語： 細菌ゲノム ,  費用対効果 ,  *CRISPR配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 細菌 ,  ゲノム ,  適合性 ,  定量化