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J-GLOBAL ID：202202271699809505   整理番号：22A0727003

MMPB/GBSAによる改変治療TCR結合親和性の信頼できるin silicoランキング【JST・京大機械翻訳】

Reliable In Silico Ranking of Engineered Therapeutic TCR Binding Affinities with MMPB/GBSA

著者 (7件)： Crean Rory M. (Department of Biology and Biochemistry, University of Bath) ,  Crean Rory M. (Doctoral Training Centre in Sustainable Chemical Technologies, University of Bath) ,  Pudney Christopher R. (Department of Biology and Biochemistry, University of Bath) ,  Pudney Christopher R. (Centre for Therapeutic Innovation, University of Bath) ,  Cole David K. (Immunocore Ltd., U.K.) ,  Cole David K. (Division of Infection & Immunity, Cardiff University, U.K.) ,  van der Kamp Marc W. (School of Biochemistry, University of Bristol, U.K.)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 62  号： 3  ページ： 577-590  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-蛋白質結合親和性の正確で効率的なin silicoランキングは,生物学的治療への応用による蛋白質設計に有用である。結合親和性をランク付けする一つの一般的なアプローチは,分子動力学(MD)軌跡に対する分子力学Poisson-Boltzmann/一般化Born表面積(MMPB/GBSA)法を適用することである。ここでは,標的,ペプチド-ヒト白血球抗原(pHLA)に結合するT細胞受容体(TCR)変異体の信頼できる評価を可能にするプロトコルを同定した。数(≦4)または多くの変異を有する変異体集合に対する異なるプロトコルを提案し,後者に対して重要なエントロピー補正を行った。潜在的異常値が前もって同定でき,短い(4ns)MDシミュレーションのちょうど5~10レプリカがTCR変異体の再現可能で正確なランク付けに十分である可能性を示した。ここで開発したプロトコルは,治療TCRの最適化中のin silicoスクリーニングに適用でき,生物学的開発に要するコストと時間の両方を低減する可能性がある。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *エントロピー ,  最適化 ,  ターゲット ,  ペプチド ,  タンパク質 ,  分子内力学 ,  集合 ,  *親和性 ,  ヒト白血球抗原 ,  異常値 ,  分子動力学 ,  T細胞受容体
準シソーラス用語： *結合親和性 ,  *in silico ,  分子動力学シミュレーション ,  バーチャルスクリーニング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 改変 ,  治療 ,  TCR ,  結合親和性 ,  信頼 ,  ランキング