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J-GLOBAL ID：202202271937088379   整理番号：22A0925992

WSSV耐性形質を有するSNPの相関分析後の高分解能融解法を用いたSNP遺伝子型決定への新しい洞察【JST・京大機械翻訳】

A new insight into the SNP genotyping using high-resolution melting method after the correlation analysis of the SNPs with WSSV-resistant traits

著者 (3件)： Shi Ruixue (College of Fisheries, Key Laboratory of Freshwater Animal Breeding, Ministry of Agriculture and Rural Affair/Engineering Research Center of Green Development for Conventional Aquatic Biological Industry in the Yangtze River Economic Belt, Ministry of Education, Huazhong Agricultural Unive...) ,  Yang Siqi (College of Fisheries, Key Laboratory of Freshwater Animal Breeding, Ministry of Agriculture and Rural Affair/Engineering Research Center of Green Development for Conventional Aquatic Biological Industry in the Yangtze River Economic Belt, Ministry of Education, Huazhong Agricultural Unive...) ,  Li Yanhe (College of Fisheries, Key Laboratory of Freshwater Animal Breeding, Ministry of Agriculture and Rural Affair/Engineering Research Center of Green Development for Conventional Aquatic Biological Industry in the Yangtze River Economic Belt, Ministry of Education, Huazhong Agricultural Unive...)
資料名： Fish & Shellfish Immunology  (Fish & Shellfish Immunology)
巻： 122  ページ： 71-77  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1617A  ISSN： 1050-4648  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Procambarus clarkiiは中国の重要な淡水養殖ザリガニである。水産養殖産業の段階的発展により,P.clarkiiの健全な培養に有害な白斑病に関する研究は,徐々に増加する。プロフェノールオキシダーゼ(proPO)系はザリガニの先天性免疫の重要な部分であり,ウイルス耐性において役割を果たす。本研究では,proPO遺伝子のイントロンにおける3つのSNP部位の早期発見に基づき,連鎖不平衡とハプロタイプをSNPのために分析し,それらの間に強い連鎖不均衡関係があることを見出した。WSSV耐性形質を有する各SNP部位のハプロタイプと遺伝子型の間の関連に関する解析を通して,SNP_7081遺伝子型の検出をWSSV耐性群選択のための最も便利で効率的な方法として考慮した。さらに,迅速で経済的な遺伝子型決定法である高分解能融解曲線(HRM)を選択し,SNP_7081部位遺伝子タイピングを確立した。27.94%GC含有量を有する68bp標的フラグメントを増幅し,融解曲線分析を行った。しかし,遺伝子型CC,C>T,およびT>Cの融解曲線は明らかに異なるが,しかし,97.61%の正確性率でサンプルを手動遺伝子型に標準として処理することができた。Tm値と相関する低いGC含有量は,45.24%のGC含有量で構築された組換えプラスミドPMD18-T-SNP_7081のアッセイによる偽陰性の理由として確認された。最終的に,アダプタープライマーを用いて,標的フラグメントのGC含有量を増加させ,自動的にグループ化されたSNP_7081部位を遺伝子タイピングするための修正HRM法を確立し,それは遺伝子型SNPに対するHRM法の新しい洞察を提供することができた。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *遺伝子型 ,  オキシドレダクターゼ ,  淡水 ,  養殖 ,  ザリガニ類 ,  アダプタ ,  *高分解能 ,  アメリカザリガニ ,  イントロン ,  早期診断 ,  白板症 ,  ハプロタイプ ,  自然免疫
準シソーラス用語： プロフェノールオキシダーゼ ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 高分解能融解 ,  ザリガニ ,  白斑症候群ウイルス ,  遺伝子型別 ,  SNP ,  GC含有量

分類 (2件)： 免疫反応一般  (ED03010T) ,  生体防御と免疫系一般  (ED01010F)

タイトルに関連する用語 (9件)： WSSV ,  耐性 ,  形質 ,  SNP ,  相関分析 ,  高分解能 ,  融解法 ,  遺伝子型決定 ,  洞察