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J-GLOBAL ID：202202272592552386   整理番号：22A0449798

次世代シークエンシングを用いたPeshawarパキスタンからのSARS-CoV2のゲノム特性化【JST・京大機械翻訳】

Genomic Characterization of SARS-CoV2 from Peshawar Pakistan Using Next-Generation Sequencing

著者 (12件)： Afridi Ome Kalsoom (Department of Biochemistry, Women University Swabi, Swabi, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistan) ,  Afridi Ome Kalsoom (Department of Biology Education, Kyungpook National University, Daegu, Republic of Korea) ,  Bibi Nousheen (Department of Bioinformatics, Shaheed Benazir Bhutto Women University, Peshawar, KP, Pakistan) ,  Haider Syed Adnan (Center for Genome Sciences, Rehman Medical College (RMC), Peshawar, KP, Pakistan) ,  Sabiha Bibi (Center for Genome Sciences, Rehman Medical College (RMC), Peshawar, KP, Pakistan) ,  Jan Hanifullah (Center for Genome Sciences, Rehman Medical College (RMC), Peshawar, KP, Pakistan) ,  Khan Abid Ali (Department of Chemical Sciences, University of Lakki Marwat, Lakki Marwat, KP, Pakistan) ,  Akhter Shireen (Executive Development Centre, Sukkur IBA University, Sukkur, Sindh, Pakistan) ,  Akhter Shireen (Biotech, Sukkur IBA University, Sukkur, Sindh, Pakistan) ,  Khan Valeed (Pathology Laboratory, Department of Molecular Diagnostics, Rehman Medical Institute (RMI), Peshawar, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistan) ,  Ali Johar (Center for Genome Sciences, Rehman Medical College (RMC), Peshawar, KP, Pakistan) ,  Ali Johar (AlviArmani International, Mississauga, ON, Canada)
資料名： Current Microbiology  (Current Microbiology)
巻： 79  号： 2  ページ： 48  発行年： 2022年 
JST資料番号： H0506A  ISSN： 0343-8651  CODEN： CUMIDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究は,次世代シークエンシングを用いて,Pashtun パキスタンi患者の口腔咽頭スワブ標本から分離した重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV2)の全ゲノムを特性化することを目的とした。SARS-CoV2ゲノムを参照ゲノムと比較して,合計10の遺伝的変異を同定した。10の遺伝的変異の中で,非構造蛋白質2(NSP2)の112に位置するオープンリーディングフレーム1ab(ORF1ab)における1つのミスセンス突然変異(c.1139A>G,p.Lys292Glu)は,独特であることが分かった。系統発生分析(n=84)は,現在のSARS-CoV2ゲノムが,Punjab,連邦首都,Azad JammuとKashmir(AJK),およびKhyber Pakhunkhwa(KP)に属する8つのパキスタン株と密接にクラスタ化されたことを明らかにした。さらに,現在のSARS-CoV2ゲノムは,Guam,台湾,インド,米国,およびフランスから報告されたSARS-CoV2のゲノムと非常に類似していた。全体として,本研究はSARS-CoV2ゲノムにおけるわずかなミスマッチを報告し,単一のユニークなミスセンス変異の存在を示した。しかし,系統発生解析は,現在のSARS-CoV2ゲノムが8つの他のパキスタン株と緊密にクラスタ化されたことを明らかにした。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： インド ,  台湾 ,  パキスタン・イスラム共和国 ,  フランス共和国 ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  キャラクタリゼーション ,  ミスセンス突然変異
準シソーラス用語： *重症急性呼吸器症候群 ,  オープンリーディングフレーム ,  系統解析 ,  遺伝的変異 ,  NS2蛋白質 ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  代謝と栄養  (EG03054K)

タイトルに関連する用語 (4件)： 次世代シークエンシング ,  パキスタン ,  ゲノム ,  特性化