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J-GLOBAL ID：202202273287042058   整理番号：22A1025094

全ゲノムDNAメチル化および水牛における無症状乳房炎中の遺伝子発現に対するその影響【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide DNA Methylation and Its Effect on Gene Expression During Subclinical Mastitis in Water Buffalo

著者 (16件)： Nayan Varij (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Singh Kalpana (2Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistical Research Institute, New Delhi, India) ,  Iquebal Mir Asif (2Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistical Research Institute, New Delhi, India) ,  Jaiswal Sarika (2Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistical Research Institute, New Delhi, India) ,  Bhardwaj Anuradha (3ICAR-National Research Centre on Equines, Hisar, India) ,  Singh Chhama (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Bhatia Tanvi (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Kumar Sunil (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Singh Rakshita (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Swaroop M. N. (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Kumar Rajesh (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Phulia S. K. (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Bharadwaj Anurag (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Datta T. K. (1ICAR-Central Institute for Research on Buffaloes, Hisar, India) ,  Rai Anil (2Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistical Research Institute, New Delhi, India) ,  Kumar Dinesh (2Centre for Agricultural Bioinformatics, ICAR-Indian Agricultural Statistical Research Institute, New Delhi, India)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 828292  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： スイギュウにおける亜臨床的乳腺炎(SCM)は,非常に有意な乳生産損失を有する酪農部門にとって最も挑戦的なパラドックスの1つであり,ミルチ動物の乳生産能力に不明確な危険をもたらす。ここでは,水スイギュウにおけるSCMに特異的なゲノムワイドメチル化と,その遺伝子発現景観に対するその後の効果を初めて提示した。健康およびSCM症例の乳体細胞からの末梢血リンパ球および遺伝子発現プロファイルからの全ゲノムDNAメチル化プロファイルを,MeDIP-SeqおよびRNA-Seqデータからカタログ化した。健康なスイギュウにおける平均メチル化は,SCM感染スイギュウにおけるそれより高かった。DNAメチル化は遺伝子間領域で豊富であり,次いで,健常対照者とSCM群でイントロン領域が続いた。全部で3,950の差次的メチル化領域(DMRs)を同定し,370の差次的メチル化遺伝子(DMGs)に注釈付けし,その多くはプロモーター領域に富んでいた。何種類かの重要な経路は,低メチル化により活性化され,Staphylococcus aureus感染,Th17細胞分化,および抗原プロセシングと,防御応答の他と共に提示経路に属した。スイギュウにおけるSCMに特異的な遺伝子発現に対するDNAメチル化の調節的役割を理解するために,DNAメチロームをトランスクリプトームと比較した。総計4,778の有意な差次的発現遺伝子(DEG)がSCMに応答して抽出され,そのうち67のDMGが差次的に発現され,SCMの間,DNAメチル化が遺伝子発現の後成的調節機構の1つであることを示唆した。CSF2RB,LOC102408349,C3およびPZPのような遺伝子およびCPAMD8は,SCMに対する免疫応答に関与することが知られている,我々の研究でダウンレギュレートされていることを見出した。転移可能な要素,miRNA,およびlncRNAsとDNAメチル化の関連も検討した。本研究は,単一場所における本研究の分析結果の全ての乳腺炎関連情報をカタログで利用可能なスイギュウSCMウェブ資源(BSCM2TDb)を報告する。これは,乳腺炎制御と管理の努力に必要なSCMを含む宿主-病原体相互作用を理解するために,スイギュウ研究者にとって大きな使用である。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *メチル化 ,  *DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  免疫反応 ,  黄色ぶどう球菌 ,  *ゲノム ,  プロモーター領域 ,  イントロン ,  *遺伝子発現 ,  Web【情報システム】 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  *DNAメチル化 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 水牛 ,  無症候性乳房炎 ,  DNAメチル化 ,  遺伝子発現 ,  Web資源

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (70件)：

• AdelsonD. L., RaisonJ. M., EdgarR. C. (2009). Characterization and Distribution of Retrotransposons and Simple Sequence Repeats in the Bovine Genome. Proc. Natl. Acad. Sci. 106 (31), 12855-12860. doi: 10.1073/pnas.0901282106
• AHDB (2016). Agriculture and Horticulture Development Board Annual Report and Accounts 2016/17. United Kingdom: APS Group. HC 193, SG/2017/99. doi: 10.1073/pnas.0901282106
• AhmadM. D., MuhammadK., AnjumA. A. (2011). Prevalence of Sub Clinical Mastitis in Dairy Buffaloes of Punjab, Pakistan M. A. Ali. J. Anim. Plant Sci. 21 (3), 477-480. Available at: https://www.researchgate.net/publication/267785662_Prevalence_of_sub_clinical_mastitis_in_dairy_buffaloes_of_Punjab_Pakistan#:~:text=Six%20hundred%20lactating%20dairy%20buffaloes%20from%20four%20districts,Overall%20prevalence%20of%20subclinical%20mastitis%20was%2044%25%20%28264%2F600%29 doi: 10.1073/pnas.0901282106
• AltschulS. F., GishW., MillerW., MyersE. W., LipmanD. J. (1990). Basic Local Alignment Search Tool. J. Mol. Biol. 215, 403-410. doi: 10.1073/pnas.0901282106
• AndrewsS. (2010). FastQC: A Quality Control Tool for High Throughput Sequence Data. Available at: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc doi: 10.1073/pnas.0901282106

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  DNAメチル化 ,  水牛 ,  症状 ,  乳房炎 ,  遺伝子発現