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J-GLOBAL ID：202202273856488099   整理番号：22A1178674

WRKY遺伝子のゲノムワイド同定とKandelia obovataにおける寒冷ストレスに対するそれらの応答【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Identification of WRKY Genes and Their Responses to Chilling Stress in Kandelia obovata

著者 (5件)： Du Zhaokui (1Zhejiang Provincial Key Laboratory of Plant Evolutionary Ecology and Conservation, Taizhou University, Taizhou, China) ,  You Shixian (2Yuhuan Municipal Bureau of Natural Resources and Planning, Yuhuan, China) ,  Zhao Xin (3Marine Academy of Zhejiang Province, Hangzhou, China) ,  Xiong Lihu (3Marine Academy of Zhejiang Province, Hangzhou, China) ,  Li Junmin (1Zhejiang Provincial Key Laboratory of Plant Evolutionary Ecology and Conservation, Taizhou University, Taizhou, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 875316  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:優勢なマングローブ種であるKandelia obovataは熱帯および亜熱帯地域に広く分布している。低温はマングローブの生存と成長を著しく制限する主要な非生物的ストレスである。WRKY転写因子(TFs)は生物的および非生物的ストレスに対する応答において重要な役割を担っている。しかし,K.obovataにおけるWRKY遺伝子のゲノムワイド解析と寒冷ストレスに対する応答は報告されていない。【方法】バイオインフォマティクス分析を用いて,K.obovata WRKY(KoWRKY)遺伝子ファミリーを同定し,特徴づけ,低温ストレスに応答するKoWRKYsを選別するために,RNA-seqおよびqRT-PCR分析を採用した。”K.obovata WRKY(KoWRKY)遺伝子ファミリー,RNA-seqおよびqRT-PCR分析を採用した。結果:64のKoWRKYsを同定し,それらは18K.obovata染色体すべてに不均一に分布した。多くのオルソログWRKY遺伝子対がArabidopsis thalianaとK.obovataの間で同定され,2つのゲノム間の高いシンテニーを示した。分節重複事象はKoWRKY遺伝子ファミリーの拡張を駆動する主要な力であることを見出した。KoWRKY遺伝子の大部分は,それらのプロモーターにいくつかの種類のホルモンおよびストレス応答シスエレメントを含んでいた。KoWRKY蛋白質は保存WRKYドメインと亜鉛フィンガー構造に従って3群(I,II,III)に属した。RNA-seqとqRT-PCR分析から得られた発現パターンは,9つのKoWRKYが葉における寒冷順応の間に有意にアップレギュレートされたことを明らかにした。KEGG経路濃縮分析は,KoWRKYの標的遺伝子が11経路に有意に関与し,共発現ネットワーク分析は315共発現対(KoWRKYとmRNA)が正に相関することを示した。結論:K.obovataゲノムからの64のKoWRKYsを同定し,そのうち9つは寒冷ストレス誘導発現パターンを示した。これらの遺伝子は,K.obovataにおける寒冷ストレス関連シグナル伝達経路に関与するKoWRKYの将来の機能解析の候補である。これらの結果は,寒冷ストレスに応答してK.obovataにおける機能および分子機構を決定するために,KoWRKY遺伝子のさらなる分析のための基礎を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 応答 ,  mRNA ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  ストレス ,  プロモーター領域 ,  機能分析 ,  遺伝学実験技術 ,  *寒冷ストレス ,  Arabidopsis thaliana
準シソーラス用語： *Kandelia ,  バイオインフォマティクス ,  オルソログ ,  ストレス応答 ,  共発現 ,  非生物的ストレス ,  遺伝子発現パターン ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 発現プロファイル ,  Kandelia obovata ,  低温 ,  系統発生解析 ,  WRKY転写因子

分類 (2件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (69件)：

• BaoF., DingA., ChengT., WangJ., ZhangQ. (2019). Genome-Wide Analysis of Members of the WRKY Gene Family and Their Cold Stress Response in Prunus Mume. Genes 10, 911. doi: 10.3390/genes10110911
• CannonS. B., MitraA., BaumgartenA., YoungN. D., MayG. (2004). The Roles of Segmental and Tandem Gene Duplication in the Evolution of Large Gene Families in Arabidopsis thaliana. BMC Plant Biol. 4, 10. doi: 10.1186/1471-2229-4-10
• ChenC., ChenH., ZhangY., ThomasH. R., FrankM. H., HeY., et al (2020a). TBtools: an Integrative Toolkit Developed for Interactive Analyses of Big Biological Data. Mol. Plant 13, 1194-1202. doi: 10.1016/j.molp.2020.06.009
• ChenC., ChenX., HanJ., LuW., RenZ. (2020b). Genome-wide Analysis of the WRKY Gene Family in the Cucumber Genome and Transcriptome-wide Identification of WRKY Transcription Factors that Respond to Biotic and Abiotic Stresses. BMC Plant Biol. 20, 443. doi: 10.1186/s12870-020-02625-8
• ChenL., WangW., LiQ. Q., ZhangY., YangS., OslandM. J., et al (2017). Mangrove Species' Responses to winter Air Temperature Extremes in China. Ecosphere 8, e01865. doi: 10.1002/ecs2.1865

タイトルに関連する用語 (7件)： WRKY ,  遺伝子 ,  ゲノム ,  同定 ,  Kandelia ,  寒冷ストレス ,  応答