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J-GLOBAL ID：202202273983217382   整理番号：22A0951120

効果的なpiRNA標的結合部位の配列と構造特徴の予測【JST・京大機械翻訳】

Predicting sequence and structural features of effective piRNA target binding sites

著者 (2件)： Singh Garima (RNAi and Functional Genomics Lab., Department of Life Science, National Institute of Technology Rourkela, Rourkela, India) ,  Mallick Bibekanand (RNAi and Functional Genomics Lab., Department of Life Science, National Institute of Technology Rourkela, Rourkela, India)
資料名： Journal of Molecular Recognition  (Journal of Molecular Recognition)
巻： 35  号： 4  ページ： e2949  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0818A  ISSN： 0952-3499  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Piwi相互作用RNA(piRNA)標的は,通常,標的mRNA上のpiRNAシード領域と相補的塩基間の塩基対形成を介して同定され,しばしば偽の予測をもたらす。架橋免疫沈降(CLIP)研究は,RNA結合部位を含むPIWI-クレードに基づく標的の正確な同定を可能にする有望な方法として現れる。本研究では,piRNA標的CLIP-Seqデータセットを分析し,piRNA標的の付加的特性を明らかにした。IP+とIP-セットターゲットを用いて,標的部位予測の精度を増強する重要な配列と構造特徴を研究した。解析により,IP+セットに対するIP+セットにおける標的部位の上流及び下流における標的部位におけるAUの実質的な濃縮,並びにIP+集合の標的部位の最小折畳みエネルギーの低下に寄与すると思われるIP+集合の標的部位の最小折畳みエネルギーの低下に寄与し,これはpiRNAとそれらの標的間の塩基対形成を減じるかもしれないことを示した。また,IP+セットに対する標的部位の下流及び下流において,AUの実質的な濃縮を明らかにした。”その研究”は,IP+セットに対して,IP+セットにおける標的部位の上流及び下流において,AUの実質的な濃縮を明らかにした。また,piRNA標的に対するより低いMFE閾値(en)と高いmiRandaスコアを見出した。興味深いことに,標的部位の大部分は3′UTR内に存在し,miRNA標的のような優先的標的部位として3′UTRを示唆した。したがって,piRNA標的部位のさらなる重要な特徴に関する著者らの知見は,正確にpiRNAの潜在的標的を同定するのに貴重であり,それらの機能的重要性を解読するのを助けるであろうと仮定した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *ターゲット ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  折畳み ,  *結合部位 ,  免疫沈降反応 ,  集合 ,  *構造特性
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  3′非翻訳領域 ,  Piwi蛋白質 ,  *piRNA ,  RNA結合 ,  塩基対形成 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： 3′UTR ,  3ππ非翻訳領域 ,  5μTRUTR ,  5ππ非翻訳領域 ,  CDS ,  コーディングシーケンス ,  mRNA ,  Piwi相互作用RNA ,  ターゲット

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： piRNA ,  標的 ,  結合部位 ,  構造特徴 ,  予測