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J-GLOBAL ID：202202274040615725   整理番号：22A1058207

3D-QSAR,分子ドッキングおよび分子動力学シミュレーションによるUBC12-DCN1相互作用に基づくピペリジニル尿素阻害剤の結合機構の研究【JST・京大機械翻訳】

Investigating the binding mechanism of piperidinyl ureas inhibitors based on the UBC12-DCN1 interaction by 3D-QSAR, molecular docking and molecular dynamics simulations

著者 (9件)： Zhao Jiangheng (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Zang Jieying (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Yang Jing (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Gao Qi-Bing (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Yan Ying (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Ma Chaoya (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Chen Yujie (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Ding Lina (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...) ,  Liu Hong-Min (Collaborative Innovation Center of New Drug Research and Safety Evaluation, Henan Province, Key Laboratory of Technology of Drug Preparation (Zhengzhou University), Ministry of Education of China, Key Laboratory of Henan Province for Drug Quality and Evaluation, School of Pharmaceutical S...)
資料名： Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (Journal of Biomolecular Structure and Dynamics)
巻： 40  号： 6  ページ： 2674-2688  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5935A  ISSN： 0739-1102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ネドニル化は,ヒト疾患の重要な標的と考えられているCullin-RING E3ユビキチンリガーゼ(CRL)を調節することにより様々な生物学的過程を調節する。CRLの活性化は,UBC12-DCN1複合体の相互作用により調節されるCullins Neddylationを必要とした。ここでは,UBC12-DCN1蛋白質-蛋白質相互作用に基づく41ピペリジニル尿素阻害剤の構造-活性関係および結合機構を検討するため,三次元定量的構造活性相関(3D-QSAR),分子ドッキングおよび分子動力学(MD)シミュレーションを用い,分子モデリング研究を行った。比較分子場分析(CoMFA)と比較分子類似性指数分析(CoMSIA)を用いて,3D-QSARモデルを作成した。結果は,最良のCoMFAモデルがq2=0.736,r2_ncv=0.978,r2_pred=0.78(CoMFA)を持ち,最良のCoMSIAモデルがq2=0.761,r2_ncv=0.987,r2_pred=0.86を有することを示した。静電,疎水性および水素結合ドナー場は,モデルにおいて重要な役割を果たす。分子ドッキング研究は結合様式とリガンドと受容体蛋白質間の相互作用を予測する。分子動力学シミュレーション結果は,リガンドと受容体蛋白質の複合体が300Kで安定であることを明らかにした。MM-GBSAの結果は,Ile1083,Ile1086,Ala1098,Val1102,Ile1105,Gln1114,Phe1164およびLeu1184の残基が,DCN1に結合した阻害剤のプロセスの間の重要な残基であるかもしれないことを示した。本研究は,UBC12-DCN1蛋白質-蛋白質相互作用に基づく新規阻害剤設計をさらに開発するための重要な理論的基礎を提供することができた。すべての結果は,著者らの更なる薬物設計のためのより有用な情報を提供することができる。Ramaswamy H.Sarmaによって共用した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 水素結合 ,  ターゲット ,  ドナー ,  分子構造 ,  *計算機シミュレーション ,  *ドッキング ,  疎水性 ,  タンパク質 ,  モデリング ,  複合体 ,  ドラッグデザイン ,  *三次元 ,  *分子動力学 ,  *分子認識 ,  *定量的構造活性相関
準シソーラス用語： 分子モデリング ,  *分子動力学シミュレーション ,  *分子ドッキング ,  残基 ,  *3D-QSAR , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： UBC12-DCN1蛋白質-蛋白質相互作用 ,  ピペリジニル尿素 ,  3D-QSAR ,  分子ドッキング ,  MDシミュレーション

分類 (2件)： 薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W)

タイトルに関連する用語 (7件)： 3D-QSAR ,  分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション ,  相互作用 ,  尿素 ,  阻害剤 ,  研究