文献

J-GLOBAL ID：202202274069981339   整理番号：22A0777844

DNAデータ蓄積システムのための設計コードのための戦略ベース最適化アルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

A Strategy-based Optimization Algorithm to Design Codes for DNA Data Storage System

著者 (5件)： Rasool Abdur (Shenzhen Key Laboratory for High Performance Data Mining, Shenzhen Institute of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Rasool Abdur (Shenzhen College of Advanced Technology, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Qu Qiang (Shenzhen Key Laboratory for High Performance Data Mining, Shenzhen Institute of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Jiang Qingshan (Shenzhen Key Laboratory for High Performance Data Mining, Shenzhen Institute of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Wang Yang (Shenzhen Key Laboratory for High Performance Data Mining, Shenzhen Institute of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 13156  ページ： 284-299  発行年： 2022年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大きなデータ体積の指数関数的増加は大容量と高密度貯蔵を必要とする。デオキシリボ核酸(DNA)は,その高い容量と耐久性のため,種々の研究におけるデータ蓄積の新しい研究動向として最近出現し,そこではプライマーとアドレス配列が重要な役割を果たす。しかし,それはエラーなしでDNAストランドを設計する重要なバイオコンピューティングタスクである。DNA合成および配列決定過程において,各ヌクレオチドは反復され,これはハイブリダイゼーション反応中にエラーを起こしやすい。それは,データ保存安定性を引き起こすDNA符号化集合の下限を減少させた。本研究は,DNAデータ蓄積の下限を改善するためにメタヒューリスティックアルゴリズムを提案する。提案したアルゴリズムは,1次元で探査と開発能力を有する, moth炎最適化器(MFO)によって触発され,最適解のための三次元探索空間を有する反対ベースの学習(OBL)戦略によって強化される。その後,それはMFOLアルゴリズムである。このアルゴリズムをプログラムして,GC-含有量,Hamming距離,およびNo-run長さ制約を有するDNA符号化集合の誤り率を減少することによって,DNA保存コードを構築した。実験では,13のベンチマーク関数とWilcoxon順位和検定を実行し,性能を元のMFOと3つの他のアルゴリズムと比較した。MFOLによる生成されたDNA符号語を最先端のAltristicalアルゴリズムおよびKMVOアルゴリズムと比較した。提案したアルゴリズムは,より短い配列で30%のDNA符号化率を改善し,DNA合成と配列決定の間の誤差を減少させた。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アルゴリズム ,  *最適化 ,  符号化 ,  学習 ,  *最適化手法 ,  指数関数 ,  *DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド ,  *データ蓄積 ,  *塩基 ,  一次元 ,  三次元 ,  分子ハイブリダイゼーション ,  ベンチマーク
準シソーラス用語： 最適解 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： DNAデータ蓄積 ,  バイオコンピューティング ,  DNAコーディングセット ,  対立に基づく学習 ,  MFOアルゴリズム

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： DNA ,  データ蓄積 ,  設計 ,  戦略 ,  最適化アルゴリズム