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J-GLOBAL ID：202202274267919166   整理番号：22A1025101

個体群ゲノム配列決定はニワトリの家畜化および品種形成を駆動するコピー数変異のグローバル景観を描写する【JST・京大機械翻訳】

Population Genomic Sequencing Delineates Global Landscape of Copy Number Variations that Drive Domestication and Breed Formation of in Chicken

著者 (11件)： Chen Xia (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing, China) ,  Bai Xue (2CAS Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Bai Xue (3China National Center for Bioinformation, Beijing, China) ,  Liu Huagui (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing, China) ,  Zhao Binbin (2CAS Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Zhao Binbin (3China National Center for Bioinformation, Beijing, China) ,  Yan Zhixun (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing, China) ,  Hou Yali (2CAS Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Hou Yali (3China National Center for Bioinformation, Beijing, China) ,  Hou Yali (4College of Life Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Chu Qin (1Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 830393  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コピー数変動(CNV)は進化を駆動する重要な遺伝的機構であり,新しい表現型変異を発生させる。ニワトリの家畜化と品種形成に及ぼすCNVの影響を探究するために,全ゲノムCNVを多重方法によって検出した。6つの国内品種と野生赤 j(RJF)に対応する51の個体からの全ゲノム配列決定データを用いて,19,329の重複と98,736の欠失を決定し,それは11,123のコピー数変動領域(CNVRs)と2,636の蛋白質コード遺伝子をカバーした。主成分分析(PCA)は,これらの個体がそれらの栽培と選択目的に従って4つの個体群に分割できることを示した。72の高度に重複したCNVRsを,すべての個体にわたって検出し,ニワトリゲノムにおける神経系(NRG3,NCAM2),感覚(OR)および卵胞発達(VTG2)の中心的な役割を明らかにした。国内品種のCNVをRJFsのものに対比すると,255の蛋白質コード遺伝子を持つ235のCNVRsは,主に神経,免疫,および生殖系発達の経路に関与していた。品種特異的CNVRsにおいて,いくつかの貴重な遺伝子が同定され,Beijing(北京)Youニワトリにおけるビード形質のためのHOXB7を含んだ。Silkieニワトリにおけるメラニン沈着のためのEDN3,SLMO2,TUBB1,およびGFPT1;そして,Luxi Game fowlにおける攻撃性のためのSORCS2。さらに,Recessive White Rockニワトリにおいて見い出された白色レグホンニワトリおよびPOLR3H,MCM9,DOCK3,およびAKR1B1Lにおいて排他的に見出された高重複を有するCSMD1およびNTRK3は,それぞれ高い卵生産および高速成長形質に寄与する可能性がある。品種特性の候補遺伝子は,ニワトリの表現型変異と人工育種に関するさらなる研究のための貴重な資源である。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  遺伝子 ,  生殖 ,  タンパク質 ,  *ヌクレオチド配列 ,  卵胞 ,  *ゲノム ,  育種 ,  形質発現 ,  *品種 ,  *個体群 ,  主成分分析 ,  *コピー数
準シソーラス用語： *ゲノム配列 ,  候補遺伝子 ,  *家畜化 ,  表現型変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ニワトリ ,  コピー数変化 ,  進化 ,  家畜化 ,  品種特異性

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (112件)：

• AbeH., AoyaD., TakeuchiH.-A., Inoue-MurayamaM. (2017). Gene Expression Patterns of Chicken Neuregulin 3 in Association with Copy Number Variation and Frameshift Deletion. BMC Genet. 18, 69. doi: 10.1186/s12863-017-0537-z
• AbyzovA., UrbanA. E., SnyderM., GersteinM. (2011). CNVnator: an Approach to Discover, Genotype, and Characterize Typical and Atypical CNVs from Family and Population Genome Sequencing. Genome Res. 21, 974-984. doi: 10.1101/gr.114876.110
• Aguirre-ChenC., BülowH. E., KaprielianZ. (2011). C. elegans Bicd-1, Homolog of the Drosophila Dynein Accessory Factor Bicaudal D, Regulates the Branching of PVD Sensory Neuron Dendrites. Development (Cambridge, England). 138, 507-518. doi: 10.1242/dev.060939
• AlbertF. W., ShchepinaO., WinterC., RömplerH., TeupserD., PalmeR., et al (2008). Phenotypic Differences in Behavior, Physiology and Neurochemistry between Rats Selected for Tameness and for Defensive Aggression towards Humans. Horm. Behav. 53, 413-421. doi: 10.1016/j.yhbeh.2007.11.010
• AlkanC., KiddJ. M., Marques-BonetT., AksayG., AntonacciF., HormozdiariF., et al (2009). Personalized Copy Number and Segmental Duplication Maps Using Next-Generation Sequencing. Nat. Genet. 41, 1061-1067. doi: 10.1038/ng.437

タイトルに関連する用語 (9件)： 個体群 ,  ゲノム配列 ,  ニワトリ ,  家畜化 ,  品種 ,  コピー数 ,  変異 ,  グローバル ,  景観