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J-GLOBAL ID：202202274754007004   整理番号：22A1178588

Long-Read de Novoゲノム集合により明らかにしたDorperヒツジ(Ovis aries)の遺伝的基礎【JST・京大機械翻訳】

Genetic Basis of Dorper Sheep (Ovis aries) Revealed by Long-Read De Novo Genome Assembly

著者 (24件)： Qiao Guoyan (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Qiao Guoyan (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Xu Pan (3Key Laboratory of Grassland Livestock Industry Innovation, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Guo Tingting (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Guo Tingting (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Wu Yi (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Wu Yi (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Lu Xiaofang (4Tianjin Aoqun Animal Husbandry Pty., Ltd., Tianjin, China) ,  Lu Xiaofang (5The Enterprises Key Laboratory of Tianjin Meat-Type-Sheep Genetics and Breeding, Tianjin, China) ,  Zhang Qingfeng (4Tianjin Aoqun Animal Husbandry Pty., Ltd., Tianjin, China) ,  Zhang Qingfeng (5The Enterprises Key Laboratory of Tianjin Meat-Type-Sheep Genetics and Breeding, Tianjin, China) ,  He Xue (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Zhu Shaohua (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Zhu Shaohua (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Zhao Hongchang (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Zhao Hongchang (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Lei Zhihui (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Lei Zhihui (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Sun Weibo (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Sun Weibo (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Yang Bohui (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Yang Bohui (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China) ,  Yue Yaojing (1Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, China) ,  Yue Yaojing (2State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Engineering Research Center of Grassland Industry, Ministry of Education, College of Pastoral Agriculture Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 846449  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 南アフリカのDorset HornとBlackhead Persianヒツジを交配して1930年代に開発されたDorperヒツジ(Ovis aries)(DPS)は,ミュートン生産のための世界に優しい複合品種である。この品種の基礎となる遺伝的基礎はまだ解明されていない。ここでは,Oxford Nanopore Technology(ONT)配列決定とHi-C(クロマチン立体配座捕獲)アプローチの統合を介した高度に隣接するDorperヒツジゲノムの配列決定と集合を報告する。集合したゲノムは,合計で73.33Mbと140コンティグのコンティグN50で,約2.64Gbであった。集合配列の99.5%以上が27染色体に固定され,20,450蛋白質コード遺伝子で注釈された。Dorperヒツジの対立遺伝子特異的発現(ASE)遺伝子は,ASE分析によって明らかにされ,それらは免疫系,脂質代謝,および環境適応に関与した。関連する全ゲノム再配列決定データから同定されたSNPおよびインデル遺伝子座において,合計5701および456の対立遺伝子部位を観察した。これらの対立遺伝子SNPとINDEL部位は,それぞれ1,002と294の遺伝子で注釈された。さらに,母系および父系祖先に由来する変異部位および関連遺伝子の数を計算し,Dorperヒツジの傑出した表現型性能の遺伝的基礎を明らかにした。結論として,本研究はDorperヒツジの最初の参照ゲノムを報告し,ASEを通してその遺伝的基礎を明らかにした。また,本研究は,複合品種の遺伝子情報をマイニングするためのパイプラインを提供し,将来のハイブリッド育種実践の含意を持つ。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 立体配座 ,  *遺伝 ,  遺伝子 ,  クロマチン ,  染色体 ,  タンパク質 ,  *ヒツジ ,  表現型 ,  *ゲノム ,  育種 ,  遺伝子座 ,  複合体 ,  品種 ,  対立遺伝子 ,  クローン
準シソーラス用語： コンティグ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 休眠ヒツジ ,  参照ゲノム ,  遺伝的基礎 ,  複合材料品種 ,  対立遺伝子特異的発現(ASE)

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (44件)：

• AlbertoF. J., BoyerF., Orozco-terWengelP., StreeterI., ServinB., de VillemereuilP., et al (2018). Convergent Genomic Signatures of Domestication in Sheep and Goats. Nat. Commun. 9 (1), 813. doi: 10.1038/s41467-018-03206-y
• BaoW., KojimaK. K., KohanyO. (2015). Repbase Update, a Database of Repetitive Elements in Eukaryotic Genomes. Mobile DNA 6, 11. doi: 10.1186/s13100-015-0041-9
• BesemerJ., LomsadzeA., BorodovskyM. (2001). GeneMarkS: a Self-Training Method for Prediction of Gene Starts in Microbial Genomes. Implications for Finding Sequence Motifs in Regulatory Regions. Nucleic Acids Res. 29 (12), 2607-2618. doi: 10.1093/nar/29.12.2607
• BlancoE., ParraG., GuigóR. (2007). Using Geneid to Identify Genes. Curr. Protoc. Bioinformatics 18 (1), 1-28. doi: 10.1002/0471250953.bi0403s18
• BowneJ. B., ErwinT. A., JuttnerJ., SchnurbuschT., LangridgeP., BacicA., et al (2012). Drought Responses of Leaf Tissues from Wheat Cultivars of Differing Drought Tolerance at the Metabolite Level. Mol. Plant 5 (2), 418-429. doi: 10.1093/mp/ssr114

タイトルに関連する用語 (5件)： ゲノム ,  集合 ,  ヒツジ ,  遺伝 ,  基礎