PyLipID:分子動力学シミュレーションからの蛋白質-脂質相互作用解析のためのPythonパッケージ【JST・京大機械翻訳】

Song Wanling; Song Wanling; Corey Robin A.; Ansell T. Bertie; Cassidy C. Keith; Horrell Michael R.; Duncan Anna L.; Stansfeld Phillip J.; Sansom Mark S. P.

文献

J-GLOBAL ID：202202275332103886 整理番号：22A0727064

PyLipID:分子動力学シミュレーションからの蛋白質-脂質相互作用解析のためのPythonパッケージ【JST・京大機械翻訳】

PyLipID: A Python Package for Analysis of Protein-Lipid Interactions from Molecular Dynamics Simulations

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資料名：
巻： 18 号： 2 ページ： 1188-1201 発行年： 2022年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

脂質は膜蛋白質に対して重要な調節と構造的役割を果たす。分子動力学シミュレーションは,これらの蛋白質-脂質相互作用の性質への洞察を提供するために頻繁に用いられる。系統的比較解析は,そのような相互作用の客観的評価のためのアルゴリズムを提供するツールを必要とする。分子動力学シミュレーションから膜蛋白質上の特異的脂質相互作用と結合部位の同定と特性化のためのPyLipID,Pythonパッケージを紹介した。PyLipIDは結合部位検出のためのコミュニティ解析手法を用い,個々の蛋白質残基と検出した結合部位の両方に対する脂質滞留時間を計算した。構造解析を支援するために,PyLipIDは,密度に基づくスコアリング関数を用いて,シミュレーションデータから代表的な結合脂質ポーズを生成する。残基接触をロバストに推定するために,PyLipIDは二重カットオフスキームを用いて,完全な解離事象から結合した脂質立体配座再配列を区別した。蛋白質-脂質相互作用の特性化に加えて,PyLipIDは他のリガンドと膜蛋白質の相互作用の分析に適用できる。自動分析,効率的アルゴリズム,およびオープンソース分布を結合することにより,PyLipIDは膜蛋白質の多重種の大きなシミュレーションデータセットから脂質相互作用の系統的解析を促進する。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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計算機シミュレーション

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