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J-GLOBAL ID：202202276354749674   整理番号：22A1038620

Rベース計算機械学習を用いた空間トランスクリプトーム解析は漢方薬理論におけるYangまたはYin欠乏症候群の遺伝的プロファイルを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Spatial Transcriptomic Analysis Using R-Based Computational Machine Learning Reveals the Genetic Profile of Yang or Yin Deficiency Syndrome in Chinese Medicine Theory

著者 (6件)： Zhang Cheng (School of Chinese Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China) ,  Tam Chi wing (School of Chinese Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China) ,  Tang Guoyi (School of Chinese Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China) ,  Chen Yuanyuan (School of Chinese Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China) ,  Wang Ning (School of Chinese Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China) ,  Feng Yibin (School of Chinese Medicine, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong, Hong Kong, China)
資料名： Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine (Web)  (Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine (Web))
巻： 2022  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7703A  ISSN： 1741-427X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:YangとYinは,漢方薬理論に基づく健康条件を反映する調和的バランスの原因となる2つの主な概念である。注目すべきことに,YangまたはYinの欠損は疾患感受性と関連する。本研究では,Rベースの機械学習分析を用いたGEOデータベースから検索されたトランスクリプトミクスデータセットの分析により,YangとYin欠損の分子特徴を明らかにし,不均衡YangまたはYinの医療診断,予防,および治療の基礎を築く。【方法】標的マイニングのための従来の方法の他に,著者らは,末梢血単核球(PBMC)に焦点を合わせてGEOにおけるRNA-Seqデータセット(GSE87474)を分析することによって,YinおよびYang欠損の分子プロファイルを解明するために,Rベースの機械学習アプローチを用いた空間トランスクリプトミクス解析の利点を取り入れた。GEOquery,DESeq2,WGCNA(スケールフリートポロジー仮定によるターゲット同定),Scatterプロット3d,Tidyverse,およびUpsetRを含むRにおける加算関数を用いた。選択したGEOデータセットにおける情報のために,20,740発現遺伝子を表すPBMCを,漢方薬関連診断基準に基づいて,YangまたはYin欠損(それぞれn=12)の被験者から採取した。結果.Yang欠損(KAT2B,NFKB2,CREBBP,GTF2H3)またはYin欠損(JUNB,JUND,NGLY1,TNF,RAF1,PPP1R15A)に対する症候性遺伝子標的は,潜在的に発見された。CREBBPは,YangまたはYin欠乏群のいずれかを調節する共有鍵共有遺伝子として同定された。これらの特異的遺伝子の内因性分子特性はYang/Yin欠損の臨床観察とリンクし,Yang欠損は免疫機能障害傾向とエネルギー調節不全と関連するが,Yin欠損は主に酸化ストレス,免疫系の機能不全,及び異常な脂質/蛋白質代謝を含む。結論.本研究は,漢方薬理論におけるYangまたはYin欠乏の臨床形質を支持するための代表的遺伝子標的とモジュールを提供し,漢方薬理論の近代化を促進するのに有益である。さらに,本研究で採用したRベースの機械学習アプローチは,漢方薬理論に関連する根底にある遺伝的多型の調査にさらに応用可能である。Copyright 2022 Cheng Zhang et al. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝 ,  遺伝子 ,  脂質 ,  機能障害 ,  加算 ,  *漢方製剤 ,  遺伝子ターゲティング ,  酸化ストレス ,  *機械学習 ,  遺伝子多型
準シソーラス用語： 疾患感受性 ,  被験者 ,  内因性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (44件)：

• R. Fu, J. Li, H. Yu, Y. Zhang, Z. Xu, C. Martin, "The Yin and Yang of traditional Chinese and western medicine," Medicinal Research Reviews, vol. 41, 2021.
• Y. Piao, D. Yin, "Mechanism underlying treatment of diabetic kidney disease using traditional Chinese medicine based on theory of Yin and Yang balance," Journal of Traditional Chinese Medicine, vol. 38, no. 5, pp. 797-802, 2018.
• C. H. Lee, T. C. Li, C. I. Tsai, S.-Y. Lin, I.-T. Lee, H.-J. Lee, Y.-C. Wu, Y.-C. Su, Yang, "Yang deficiency body constitution acts as a predictor of diabetic retinopathy in patients with type 2 diabetes: taichung diabetic body constitution study," Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, vol. 2015, pp. 8, 2015.
• Q. Hu, T. Yu, J. Li, Q. Yu, L. Zhu, Y. Gu, "End-to-end syndrome differentiation of Yin deficiency and Yang deficiency in traditional Chinese medicine," Computer Methods and Programs in Biomedicine, vol. 174, pp. 9-15, 2019.
• Y. Cai, Y. Dai, Y. Wang, Q. Yang, J. Guo, C. Wei, W. Chen, H. Huang, J. Zhu, C. Zhang, W. Zheng, Z. Wen, H. Liu, M. Zhang, S. Xing, Q. Jin, C. G. Feng, X. Chen, "Single-cell transcriptomics of blood reveals a natural killer cell subset depletion in tuberculosis," EBioMedicine, vol. 53, 2020.

タイトルに関連する用語 (8件)： 計算 ,  機械学習 ,  トランスクリプトーム解析 ,  漢方薬 ,  理論 ,  欠乏 ,  症候群 ,  プロファイル