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J-GLOBAL ID：202202276463439589   整理番号：22A1153920

中国の三キジカメ(Mauremys reevesii)の染色体レベルゲノム集合は淡水適応への洞察を提供する【JST・京大機械翻訳】

Chromosome-level genome assembly of the Chinese three-keeled pond turtle (Mauremys reevesii) provides insights into freshwater adaptation

著者 (14件)： Liu Jianjun (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Liu Jianjun (Department of Biology and Microbiology, South Dakota State University, Brookings, South Dakota, USA) ,  Liu Siqi (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Zheng Kai (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Tang Min (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Gu Liping (Department of Biology and Microbiology, South Dakota State University, Brookings, South Dakota, USA) ,  Young James (Department of Biology and Microbiology, South Dakota State University, Brookings, South Dakota, USA) ,  Wang Ziming (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Qiu Yeyan (Department of Biology and Microbiology, South Dakota State University, Brookings, South Dakota, USA) ,  Dong Jinxiu (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China) ,  Gu Shengli (Wannan Medical College, Wuhu, China) ,  Xiong Lei (Wannan Medical College, Wuhu, China) ,  Zhou Ruanbao (Department of Biology and Microbiology, South Dakota State University, Brookings, South Dakota, USA) ,  Nie Liuwang (Provincial Key Laboratory of the Conservation and Exploitation Research of Biological Resources in Anhui, College of Life Science, Anhui Normal University, Wuhu, China)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 4  ページ： 1596-1605  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Mauremys reevesiiは,中国の文化で寿命を象徴する絶滅危惧の淡水カメである。その重要性にもかかわらず,この種の遺伝学的研究は,今までに報告されたゲノム配列なしで,限られたままである。ここでは,ナノポアとHi-C配列決定技術の組み合わせを用いて得られたM.reevesiiの高品質,染色体レベルゲノム配列を報告する。2.37 Gb M.reevesiiゲノムを,ナノポア配列データの全部でΔΨ226.80Gbから組み立てた。M.reevesiiゲノムコンティグN50は,34.73Mbであり,発表されたカメゲノムにおける最高値である。全体で,18,238の遺伝子を機能的に注釈した。コンティグは,Hi-Cデータで組み立てられたゲノムのΔΨ96.55%をカバーする27の偽染色体上にクラスタ化され,秩序化された。ゲノム進化を探索するために,M.reevesii(淡水カメ)とGopherus evgoodei(陸生カメ)ゲノム間のシンテニー解析を行った。一般に,M.reevesiiの各染色体はGopherus evgoodeiの1つの染色体に対応していたが,集合したゲノムに基づく2つの種間でいくつかの染色体間再配列が起こった。さらに,これらの染色体間再配列を,長読ナノポアデータの集合へのマッピングにより確認した。再構築された人口統計学的歴史は,淡水,海洋および陸生カメの間で,様々な有効個体群サイズを示した。また,淡水病原体に対する防御を提供するM.reevesiiの自然免疫系に関連する遺伝子の拡張を発見した。高品質ゲノム配列は,カメ類の遺伝学およびゲノム進化のさらなる研究のための貴重な遺伝資源を提供する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *染色体 ,  ヌクレオチド配列 ,  海洋 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  生物絶滅 ,  *カメ類 ,  遺伝学 ,  クローン ,  個体群
準シソーラス用語： シンテニー ,  ナノ細孔 ,  ゲノム配列 ,  コンティグ ,  陸生 ,  再配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 染色体 ,  淡水適応 ,  ゲノム ,  Hi-C ,  Mauremys reevesii ,  ナノポア配列決定技術

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (10件)： 中国 ,  キジ ,  カメ ,  Mauremys ,  染色体 ,  ゲノム ,  集合 ,  淡水 ,  適応 ,  洞察