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J-GLOBAL ID：202202276527347780   整理番号：22A1160912

相互作用量子原子アプローチを用いたQM/MMエネルギー分解【JST・京大機械翻訳】

QM/MM Energy Decomposition Using the Interacting Quantum Atoms Approach

著者 (5件)： Lopez Roberto (Departamento de Quimica y Fisica Aplicadas, Universidad de Leon, Facultad de Biologia, Spain) ,  Diaz Natalia (Departamento de Quimica Fisica y Analitica, Universidad de Oviedo, Facultad de Quimica, Spain) ,  Francisco Evelio (Departamento de Quimica Fisica y Analitica, Universidad de Oviedo, Facultad de Quimica, Spain) ,  Martin-Pendas Angel (Departamento de Quimica Fisica y Analitica, Universidad de Oviedo, Facultad de Quimica, Spain) ,  Suarez Dimas (Departamento de Quimica Fisica y Analitica, Universidad de Oviedo, Facultad de Quimica, Spain)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 62  号： 6  ページ： 1510-1524  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 相互作用量子原子(IQA)法は分子系の量子力学(QM)エネルギーを,分子中の原子の量子論の文脈の中で1および2中心(原子)寄与の観点から分解する。ここで,著者らは,分子力学(MM)とPoisson-Boltzmann表面積(PBSA)溶媒和法で強化したIQAが,ハイブリッドQM/MM方法論の分野に自然に拡張され,すべての種類の共有結合と非共有結合相互作用を特徴づける残基内と残基間エネルギー項を与えることを実証した。このアプローチのロバスト性を試験するために,Zn-(II)-及びMg-(II)-水クラスタにおける種々のサイズのQM領域に由来するIQA記述子に関して,金属-水相互作用及びQM/MM境界アーチファクトの両方を特性化した。さらに,その結晶構造に関するQM/MM-PBSA計算を行い,次いでIQAエネルギー分解により,マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP-12)との複合体における阻害剤の相同系列を分析した。全体として,これらの応用は,IQA QM/MMアプローチの利点を示すだけでなく,QM/MM方法論を拡張するために先行する課題のいくつかにも対処する。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 化学結合 ,  結晶構造 ,  *相互作用 ,  分子 ,  溶媒和 ,  計算 ,  分子内力学 ,  量子論 ,  複合体 ,  共有結合 ,  分子系 ,  アーチファクト ,  マトリックスメタロプロテイナーゼ
準シソーラス用語： 非共有結合 ,  残基 ,  水クラスター , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 原子 ,  エネルギー ,  分解