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J-GLOBAL ID：202202276620139784   整理番号：22A1178433

綿繊維開発の全期間でのトランスクリプトームタイムコース分析【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome Time-Course Analysis in the Whole Period of Cotton Fiber Development

著者 (6件)： Zhang Juncheng (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources, College of Agriculture and Biotechnology, Institute of Crop Science, Zhejiang University, Plant Precision Breeding Academy, Hangzhou, China) ,  Mei Huan (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources, College of Agriculture and Biotechnology, Institute of Crop Science, Zhejiang University, Plant Precision Breeding Academy, Hangzhou, China) ,  Lu Hejun (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources, College of Agriculture and Biotechnology, Institute of Crop Science, Zhejiang University, Plant Precision Breeding Academy, Hangzhou, China) ,  Chen Rui (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources, College of Agriculture and Biotechnology, Institute of Crop Science, Zhejiang University, Plant Precision Breeding Academy, Hangzhou, China) ,  Hu Yan (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources, College of Agriculture and Biotechnology, Institute of Crop Science, Zhejiang University, Plant Precision Breeding Academy, Hangzhou, China) ,  Zhang Tianzhen (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources, College of Agriculture and Biotechnology, Institute of Crop Science, Zhejiang University, Plant Precision Breeding Academy, Hangzhou, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 13  ページ： 864529  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Gossypium hirsutumとGossypium barbadenseは世界中で広く栽培された四倍体ワタであり,これは独立した栽培過程により繊維収量と品質に大きな差異を進化させた。差異の遺伝学的基礎を明らかにするために,G.hirsutum acc.TM-1およびG.barbadense cv.Hai7124およびacc.3-79における繊維に関連した遺伝子発現変化の動力学を調べるために,繊維発生期間中の10の時点から90の試料を集積した。グローバルに,全3品種で発現された44484遺伝子は,全遺伝子の61.14%を占めた。ワタ転写因子の約61.39%(N=3,412)は,58のワタTFファミリーから成る繊維発生に関与した。種内および種間の差分分析は,3DPAがより多くの発現変化を有することを示した。全繊維発生時に時間的に変化した発現プロファイルを持つ遺伝子を発見するため,G.hirsutumで主に発現する1850の遺伝子とG.barbadenseの1,050を同定した。加重遺伝子共発現ネットワークと経時変化分析に基づいて,主に二次細胞壁合成と植物ホルモンに関与するいくつかの候補遺伝子を本研究で同定し,おそらくG.barbadenseとG.hirsutumの間の繊維品質差の転写調節と分子機構を基礎づけた。候補遺伝子の定量的リアルタイムPCR検証はRNA-seqデータと一致した。本研究は,高品質ワタの遺伝子機能および育種の分析のための強力な根拠を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *繊維 ,  ネットワーク ,  品質 ,  RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  植物ホルモン ,  栽培 ,  品種 ,  遺伝学実験技術 ,  四倍体 ,  遺伝子発現 ,  転写因子 ,  ワタ属
準シソーラス用語： 共発現 ,  候補遺伝子 ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Gossypium hirsutum ,  Gossypium barbadense ,  RNA-seq ,  繊維開発 ,  時間経過

分類 (2件)： 繊維料作物  (FC03077U) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (80件)：

• Ahmed M., Shahid A. A., Din S. U., Akhtar S., Ahad A., Rao A. Q., et al (2018). An overview of genetic and hormonal control of cotton fiber development. Pakistan J. Bot. 50 433-443.
• Al-Ghazi Y., Bourot S., Arioli T., Dennis E. S., Llewellyn D. J. (2009). Transcript profiling during fiber development identifies pathways in secondary metabolism and cell wall structure that may contribute to cotton fiber quality. Plant Cell Physiol. 50 1364-1381. doi: 10.1093/pcp/pcp084
• Aleem M., Raza M. M., Haider M. S., Atif R. M., Ali Z., Bhat J. A., et al (2021). Comprehensive RNA-seq analysis revealed molecular pathways and genes associated with drought tolerance in wild soybean (Glycine soja Sieb. and Zucc.). Physiol. Plant. 172 707-732. doi: 10.1111/ppl.13219
• Avci U., Pattathil S., Singh B., Brown V. L., Hahn M. G., Haigler C. H. (2013). Cotton fiber cell walls of Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense have differences related to loosely-bound xyloglucan. PLoS One 8:e56315. doi: 10.1371/journal.pone.0056315
• Bar-Joseph Z. (2004). Analyzing time series gene expression data. Bioinformatics 20 2493-2503. doi: 10.1093/bioinformatics/bth283

タイトルに関連する用語 (3件)： 綿繊維 ,  開発 ,  分析