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J-GLOBAL ID：202202276753436514   整理番号：22A0894645

Alevin-fryは単一細胞RNA-seqデータの迅速,正確,記憶-機能的定量化を解除する【JST・京大機械翻訳】

Alevin-fry unlocks rapid, accurate and memory-frugal quantification of single-cell RNA-seq data

著者 (7件)： He Dongze (Department of Cell Biology and Molecular Genetics and Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, MD, USA) ,  Zakeri Mohsen (Department of Computer Science and Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, MD, USA) ,  Sarkar Hirak (Department of Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA, USA) ,  Soneson Charlotte (Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Basel, Switzerland) ,  Soneson Charlotte (SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Basel, Switzerland) ,  Srivastava Avi (New York Genome Center, New York City, NY, USA) ,  Patro Rob (Department of Computer Science and Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, MD, USA)
資料名： Nature Methods  (Nature Methods)
巻： 19  号： 3  ページ： 316-322  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1413A  ISSN： 1548-7091  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット単一細胞及び単一核RNA配列決定(scRNA-seq及びsnRNA-seq)技術の急速な成長は過去数年間にわたって豊富なデータを生み出した。これらのデータのサイズ,体積および特徴的特性は,下流解析への入力を構成する計数行列へのsc/snRNA-seqデータを正確にかつ効率的に定量化するための新しい計算法の開発を必要とする。sc/snRNA-seqデータを定量化するためのアレビン-fryフレームワークを導入した。他の正確な定量化手法よりも,より速く,よりメモリフラーガルに加えて,他の軽量ツールにより示されるメモリスケーラビリティと偽陽性表現問題を改善する。どのようにして,アレビン-fryが,sc/snRNA-seqデータの定量に効果的に使用できるか,また,RNA速度分析の入力として必要なスプライス及び非スプライシング分子定量が,正常な遺伝子発現計数マトリックスを生成するのに用いる同じ前処理データからシームレスに抽出できる方法を示した。標高は,高速および記憶効率で単一細胞および単一核RNA-seqデータを正確に定量する。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc. 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 記憶装置 ,  前処理 ,  *RNA【核酸】 ,  *細胞 ,  *遺伝学実験技術 ,  遺伝子発現 ,  snRNA
準シソーラス用語： 核RNA ,  シームレス ,  ハイスループット ,  *単一細胞 ,  標高 ,  *RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K)

タイトルに関連する用語 (4件)： 単一細胞 ,  RNA-seq ,  迅速 ,  定量化